...构建ceRNA调控网络，再对网络中的分子进行功能分析；整个分析过程一气呵成，值得学习和参考。 1. 数据来源 从TCGA数据库中下载肝癌的374份癌症组织和50份癌旁组织的基因和lncRNA表达数据。从UCSC Xena 下载相应肝癌的miRNA数据。...
这里的组织相当于指的是根茎叶花，花瓣，纤维，胚珠等22个组织，没有其他处理。
看到一篇文献上说“文库被索引，若干个文库被归一化然后合并起来，在单个流动小室上运行。总共多达100个文库运行在一个16道（lane）的流动小室上，是通常的做法。”
老师，您好！我做的是mapk，这个家族有3个激酶，用hmm鉴定出来有500多个，可是文献里鉴定出来的是14个左右，想问一下筛选的cdd条件怎么确定呢？使用STKc_MAPK作为筛选条件只有3个，STKc_MAP作为筛选有7个，以STKc作为筛选有163个，...
...不同亚群体间，往往差异非常巨大。所以，通常会使用1个标准——“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢。 LD衰减距离通常指的是：当平均LD系数衰减到一定大小的时候，对应的物理距离。 “一定大小”是这个定义的关键点，...
在转录组数据中筛选了30个转录因子（NAC）的表达量，两个品种，3个时期； 前期做了6个基因的表达量，6个品种，5个时期； 现在怎样把基因和转录因子联系到一起，看文献都说做相关聚类热图，或者WGCNA,但相关聚类热图只能...
...族分析的，我是小白，刚开始做相关分析，有些迷糊。一个软体动物的SOX基因家族鉴定与分析，最后鉴定出两条序列同属于一个类群（SOXH）的基因，这两条序列结构域完全一致，结构域之外有几个氨基酸位点不同，但是相关文...
老师，我有19个样本，但调用scale_color_brewer时只有12种颜色，导致我的点线图里有七个没有颜色，这种情况应该怎么办？ p_line_point = ggplot(dat, aes(x=dat[,2],y=dat[,3],shape=dat[,1],color=dat[,1]))+ geom_line(size=1)+ scale_color_brewer(type="seq",pa...
使用说明： $ Rscript $scriptdir/ppi_network.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/ppi_network.r [-h] -g gene.list [-s ann.db] [-t score_threshold] [-v...
...理作图，并在图中标注了原FPKM值。 如图中，自上数第2-5个条带，分别是4个基因，FPKM 都在在0-2的小数值，表现为基本不表达。 请问这种情况，有什么可能原因呢，是由于转录组数据有误、或是基因有误吗？我该怎样检查呢？ ...
...然而，最近越来越多的研究者开始尝试将 AI 应用于另一个热门领域——微生物组研究。那么利用 AI 分析微生物组数据都做出了什么新结果呢？ 1.微生物组或可预测人的实际年龄（南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519] Human Sk...
...计算或输出结尾摘要信息 特殊要点:$0 表示整个当前行$1 每行第一个字段NF 字段数量变量NR 每行的记录号，多文件记录递增FNR 与NR类似，不过多文件记录不递增，每个文件都从...