...如下，有些有ID但是序列为空，有些（RmPMTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。 RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列 RmPMTID_loc.txt为基因位置信息 猜想基因不存在于序列文件中？ 但是序列为空的基因如Rmu_ssc0000138.1-g000001....
在做基因家族分析时，感兴趣的蛋白含有2个以上保守结构域，对应的有多个pfm号。请问这种情况怎么处理？是分别用不同的pfm号去搜索蛋白然后再合并在一起进行分析吗？
感觉后面的代码都是基于绿色框框的2个文件在做分析 那红色框内的2个.sam文件有啥用吗？占用存储有点大 可以删掉这2个吗 在跑后续的k2物种注释、蛋白质预测、KEGG注释等分析之前
...1:1000, 550, replace = FALSE);E <- sample(1:1000, 375, replace = FALSE);G <- sample(1:1000, 200, replace = FALSE);H <- sample(1:1000, 777, replace = FALSE);dataForVennDiagram <- list(A=A, B=B, C=C, D=D, E=E, G=G,H=H)#vennDiagramColors <- c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', '...
（1）从一个文件a提取第10至20个序列存到另一个文件b： awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta （2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中： awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' i...
...群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分...
使用方法: $Rscript ../scripts/mclust_analysis.r -h usage: ../scripts/mclust_analysis.r [-h] -i gene_data -m metadata [--mclust] [-g group] [-n model_name] [-o outdir] [-p prefix] mclust analysis:https://www.omicsclass.com/...
老师，您好，我有个问题想要请教您，就是关于基因组之间的比对，如拟南芥，葡萄，毛果杨等物种之间进行orthMCL然后比对，得到一个VN图，找到一些比如毛果杨特有的基因，我应该去报学那个课程呀？或者有没有相关的课程呀...
type分为了三个，代码对比了两个，出现了下面的问题 问题： --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your learning R language: https://study.omicsclass.com/index Failed to create bus connect...
...构建ceRNA调控网络，再对网络中的分子进行功能分析；整个分析过程一气呵成，值得学习和参考。 1. 数据来源 从TCGA数据库中下载肝癌的374份癌症组织和50份癌旁组织的基因和lncRNA表达数据。从UCSC Xena 下载相应肝癌的miRNA数据。...
看到一篇文献上说“文库被索引，若干个文库被归一化然后合并起来，在单个流动小室上运行。总共多达100个文库运行在一个16道（lane）的流动小室上，是通常的做法。”
这里的组织相当于指的是根茎叶花，花瓣，纤维，胚珠等22个组织，没有其他处理。