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文章 R语言中转换成dummy dummy-variables 虚拟变量

了解虚拟变量 DUMMY VARIABLE 在数据分析中,利用回归模型来寻找变量间的关系是广泛应用的一种数据分析方法。通常情况下,回归分析中变量都是定量数据,原因是模拟回归需要样本数据。然而在实际的操作中,模型中只考虑定...

问题 SNP分析

... > clean.vcf.gz这里的参数调整以后,直接影响结果的大比较比较迷茫,如何根据自己的数据去调整合适的参数大

文章 如何使用NCBI进行blast比对

...白。 在这里编以Nucleotide BLAST的操作为例,演示一下如何进行序列比对。点击上图中“Nucleotide BLAST”,打开比对界面,粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行...

文章 IT项目管理经验分享, 如何做好IT项目管理

...捷 很多项目打着敏捷的旗号,不断更新,敏捷方式是比较耗费资源的。在 DevOps 时代,发布升级的成本已经降低了。真敏捷考验的是对于市场和客户的响应能力,通过不断增强的技术能力来响应需求池中的功能点,用“带病上...

问题 相关系数矩阵

计算OTU间两两相关系数矩阵 ,数据量大时,可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数(the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR))矫正。具体如何实现呢,望大神赐教!!

文章 群落分析的冗余分析(RDA)概述

...释变量通常指代环境因素),尽管可以通过相关性或多元回归的方式被动添加至排序空间中。与此相比,约束排序则可以从排序开始直接加入解释变量进行运算,它涉及两个数据矩阵,响应变量矩阵以及解释变量矩阵。本篇继续...

文章 典型相关性分析CCA与冗余分析RDA

...中,有p个x变量和一个y变量,分析的目的在于找出适当的回归系数作为这P个x变量的加权值,使p个x变量线性组合分数与这一个y变量分数之间的相关最大。在典型相关分析中也有p个x变量,但是y变量却有q个(q>1)。典型相关的...

问题 使用circos对共线性结果进行美化,染色体的标签名字发生重叠,调整了参数也不起效,该如何调整

<ideogram> #染色体绘制设置 fill=yes #是否填充颜色 label_font=default label_parallel=yes label_radius=dims(image,radius)-60p label_size=45 radius=0.5r #设置半径,以免基因名称过长超出显示范围 show_label=yes <spacing> default...

文章 总结:高效阅读学术文献的标准姿势是——

...画面可以说很和谐了有木有。。。。 哈哈,开个玩笑,回归正题! 想要搞好科研,阅读文献资料、获取前人的经验是必不可少的。 但是“经验”的核心是“没有经验”! 看再多别人的经验,没有实际行动和努力,自己还...

问题 菜鸟,请问各位大咖基因序列比较短时做定量分析用什么方法比较

问题 有2个问题想请问老师,1基因名字字体过大,如何调整字体,2进化树分支线太短,看不清楚,如何将线拉长

提问.docx

文章 RDA CCA 分析

...阵     ②Y矩阵中每个响应变量与所有解释变量的多元回归,获得每个响应值变量的拟合值矩阵Y^和残差矩阵。 ③将拟合值矩阵进行PCA分析,将产生一个典范特征根向量和特征向量矩阵U。 ④使用矩阵U计算两套样方排序得分,...

文章 circos-基因组圈图调整标签文字重叠

...    r1=1r+200p         padding=-0.25r 四个标签都存在,比较拥挤,之后简单调整一下link_dims即可 更多生物信息课程:https://study.omicsclass.com/index

问题 想请教各位老师在串联重复分析时有碰到类似的情况吗?初次接触不知道该如何调整是好。

问题 (WGCNA) 已有基因模块分析结果,如何将其继续转换成可以用于cytoscape作图的文件?

...性结果excel展示(包含所有模块两两之间特征值的相关性系数与p值)、基因-模块相关性结果excel展示(包含所有样本基因与模块特征值的相关系数与P值)、样本表达模式结果excel展示(包含模块特征值在各个样本中归一化的数值...