用户 若年寄___

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 在使用miRDeep进行miRNA预测的时候报错

运行命令：Rhi_mature.fa 是物种miRNA成熟序列；Rhi_hairpin.fa 是物种miRNA前体序列； perl miRDeep2.pl Total_reads_collapsed.fa GCA_000334115.1_Rhisol_AG1IA_1.0_genomic.fa Total_reads_collapsed_vs_genome.arf none -d  -g 100000 -l 500  -m 11 -v -P -n d 报错： The debug file ...

文章 Pacbio Sequel 下机数据介绍

Pacbio Sequel 下机数据， 一般包括如下几个数据： m54134_180724_220656.scraps.bam m54134_180724_220656.subreads.bam m54134_180724_220656.scraps.bam.pbi m54134_180724_220656.subreads.bam.pbi m54134_180724_220656.baz2bam_1.log m54134_180724_220656.sts.xml m54134_180724_220656.subreadset...

文章 芯片RNA降解情况

...deg=AffyRNAdeg(AffyBatch) > summaryAffyRNAdeg(RNAdeg) GSM1616746_Pool_1_Hilscher_26-07-2012.CEL.gz GSM1616747_Pool_1_Reif-Hilscher_8-2-2012.CEL.gz slope 4.30e+00 4.07e+00 pvalue ...

问题 我的Conda 根本安装不成功软件，比如UMI tools ，怎么办

File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     def _initialize_master_wor...

文章 qiime2自己建立分类器 greengene

...，可直接在仓库中下载（ http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/taxa_classifiers/qiime2-2020.2_classifiers/ ），没有的话则需要自己手动建立分类器： •16S V4/V5 region (classifier_silva_132_99_16S_V4.V5_515F_926R.qza) 16S V3/V4 region (classifier_silva_132_99_16S...

文章 qiime2 18S 分类器构建

...构建：V 2020.8 ##wget -c https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/qiime/SILVA_132_QIIME_release.zip####unzip SILVA_132_QIIME_release.zipqiime tools import \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_18S_only/99/silva_132_99_18S.fna \ -...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

...用 query 方法来查询单个基因，比如人类的 TP53 基因。gene_info = mg.query('TP53', species='human') print(gene_info)>>> print(gene_info) {'took': 102, 'total': 394, 'max_score': 88.34604, 'hits': [{'_id': '7157', '_score': 88.34604, 'entrezgene': '7157', 'name': 'tumor prote...

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

...类别，基于这些分类将数据拆分  写入不同文件。 Sme2.5_00225.1_g00009.1 5       4.9101421148427 4.70706424227   4.47761327337Sme2.5_00013.1_g00022.1 2       21.1187 23.221  29.6611Sme2.5_12110.1_g00002.1 1       1.433897        1.54817336258...

问题 我用conda 根本安装不了软件，非常慢，比如UMI-tools

...t recent call last):   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/bin/umi_tools", line 5, in <module>     from pkg_resources import load_entry_point   File "/disk2/user/yizhsu/biosoft/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3260, in <module>     d...

文章 Docker Volume - 目录挂载以及文件共享

...验证一下： 我服务器上的docker 版本都是 18.09.2123[root@VM_156_200_centos ~]# docker versionClient: Version: 18.09.2首先执行命令：1234567[root@VM_156_200_centos /]# docker run -it -v /hostTest:/conainterTest --name centos-demo-1 centos [root@a8e50a72519e /]# cd cona...

文章 EndHiC绘制HIC热图

...图。 其使用的输入文件为Hic-pro生成的输出文件：AthaHiC_100000_abs.bed 和 AthaHiC_100000.matrix bed格式如下： chr1_1  0       100000  1chr1_1  100000  200000  2chr1_1  200000  300000  3chr1_1  300000  400000  4chr1_1  400000  500000  5chr1_1  500000  60...

问题 老师你好，我是在NCBI上面下载的枣的gff，以及蛋白质序列，做共线性分析的时候，perl get_gene_position.pl GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_genomic.gff AT.gff输出之后的文件与perl get_fa_by_id.pl AT1.gff GCF_000826755.1_ZizJuj_1.1_protein.faa pep.fa输出的文件是空的，应该怎么办。

用户 宁文锋_南华_消化