问题 Xpclr

我想把这个mahandun 图改成点的形状，怎么修改，另外，我想修改一些这个阈值，变成top 0.01， 怎么修改？

问题 LD 分析

我的数据LD分析绘制图怎么都重叠在一起了？这个怎么解决？

问题 老师，您好，我做基因家族分析时绘制表达模式热图，因为我的GFF3文件是从ensemble上下载的，发现从NCBI上下载的转录组数据的基因ID与我的基因ID不一致，这时该怎么判断那个是同一个基因呢？

这个是NCBI中转录组数据中的ID 这个是我的基因ID

问题 在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

...dir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.fin.sam done 得到的结果是无法打开

问题 报错pi_manhattan_plot.r command not found…

每当到了绘图步骤的时候，就会报错，报错原因是：pi_manhattan_plot.rcommand not found…我做了不同的分析，发现只要调用.r结尾的软件，绘图之类的就会报错，尝试设置了scriptdir 和export PATH，仍旧报错

文章 国内主流测序公司转录组结题报告及结果文件阅读指南

...！ 看到这里，可能就有同学要喊停了，“等下，我这里怎么只有结题报告，那10个文件夹呢？？？”赶紧联系那个不负责任的销售吧，十有八九是忘了把结果给你了。这个情况还真不是小编杜撰，我起码碰到过两次，老师项目...

问题 kasp精细定位

请问kasp精细定位，那个缩小区间的图怎么理解？怎么去缩小区间呢？

问题 学习中遇见的问题

...面使用到一个meme命令的时候，系统提示我没有安装相关软件（请见图片）。     我在网上看到老师给相关同学的解答，是提示没有导入bio-linux的ova包。但是，问题是我已经导入了这个ova包，下载地址是百度云的地址https://pan.bai...

问题 老师，我在做共线性分析时，在准备配置文件时有一些关于染色体的问题，因为id文件中有的基因染色体显示是0或者mt或者pt，这种情况下怎么准备呢，难道在配置文件中还是依然写显示出数字的那种染色体号吗

问题 老师，您好，我用circos做基因家族共线性的时候，因为两个基因名位置太近，所以只能显示一个，然后我加了叠加命令，能显示距离太近的基因了，但是发现有很多基因总是有3-4个的重复，我只想展示一个就行，请问怎么解决这个问题

问题 各位老师好，我在做拟南芥紫色酸性磷酸酶基因家族分析，该家族中有29个相关基因，我通过pfam 数据库关键词搜索得到一个检索号，然后下载后通过hmmsearch 分析，但结果只有25个相关基因，请问是怎么回事？问题出在哪里？

文章 MNP标记设计

...种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。之后使用misa[2]软件在全基因组上寻找SSR，去掉含有SSR的窗口。选择DP≥0.2、SNP数量大于3和不包含相邻SNP的窗口。使用primer3将以上窗口设计引物。

问题 老师 这是你们给的测试数据，我在注释的第一步就遇到下面的问题，需要怎么处理， 还有一个问题就是我自己组装我的数据的时候 遇到的问题就是你问我用的是什么测序仪，我也回复啦一个星期啦，我的问题是不能解决啦吗，就是这一个问题，已经一个多月啦还是老样子，

还有就是你们给的测试数据按照你们给的代码 什么都是一模一样的  代码搞到服务器上去 跑着就有问题  这是怎么回事  

问题 利用Heatmapper在线网站绘制基因编号时不显示基因ID，只显示数字1，2，3...

...xcel表格中，已经按照第一行样本名称，第一列基因ID名的格式整理了，请问如何解决这个问题？

问题 TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

#  加载需要的包library(SummarizedExperiment)library(TCGAbiolinks) #下载Copy Number Variation数据  query <- GDCquery(project =  "TCGA-CHOL",                     data.category = "Copy Number Variation",                     data.type = "Copy Number Segment")  ...