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问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后,rmblast使用报错。

所有流程在docker里面能正常使用。但由于是在HPC服务器上跑,只支持singularity,因此将docker容器转化为singularity的沙盘后运行。发现多个涉及repeatmasker的脚本不能正常运行,原因是repeatmasker没有配置rmblast。于是手动cofigure,提示...

文章 singularity使用基础

singularity使用 1. singularity简介 singularity与docker功能相似,但是相比与docker需要root权限,或者专门添加用户组,singularity在非root时也可使用,且轻量级,修改方便。singularity镜像有两种格式:sif格式可用于部署;sanbox格式是可写...

问题 docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难

...务器分析微生物数据,购买了宏基因组和16s课件,在学习docker从ENA数据库下载fasq数据时遇到困难,ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18033869/SRR18033869_2.fastq.gz ./,运...

问题 docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt 在执行这个指令时,出现:Can't open perl script "script/mRNAid_to_geneid.pl": No such file or directory 错误,是perl脚本没有封装在容器中吗?

问题 请问这种现象和我在另一台电脑上登录docker进行分析,然后没有把他退出留在后台有关吗

问题 老师您好,我在看您的视频学习docker的时候,转录组比对的时候,结果空的,后续工作该怎么办呀

问题 老师您好,我在看您的视频学习docker的时候,转录组比对的时候,结果空的,后续工作该怎么办呀

问题 QTL-seq数据分析实操课程中命令中用到的qtlplot,如果不使用docker,怎么下载,从哪里获得

下面命令中用到的qtlplot怎么下载,从哪里下载安装到服务器上,不使用docker的情况下 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

问题 运行docker时出现了以下错误(The system cannot find the file specified... ,重装了一遍)

第一遍装时应该是正常的,重装之后出现了以下错误,怎么破?

问题 运行docker时出现了以下错误(The system cannot find the file specified... ,重装了一遍)

第一遍装时应该是正常的,重装之后出现了以下错误,怎么破?

问题 linux教学视频里的manager 目录中有Gene2019.但是我用的是docker.我的manager里没有gene2019

问题 老师你好,docker报错我找到了解决方法,但是新建容器的命名是“containers.cmd”还是原来的“.cmd”我不太懂

问题 群体遗传学GWAS课程docker很多命令无法运行

[root@4d714c8732b0  14:14:49 /work/my_gwas2/04.LDdecay]# PopLDdecay -InVCF  ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz -SubPop popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat the Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Population szie is too small, SubGroup sample size: 0 ##begin pair-wise R^2 cal...

问题 docker中的omicsclass/r-server镜像使用问题:无法与服务器的文件夹对应,因此上传不了文件

下图是我登录的命令: 下图是登录到rstudio中的界面:没有与我的文件夹关联起来,这是怎么回事啊。

问题 bash:docker:command not found是什么情况,还有就是根据我这个目录如何运行docker run --rm -it -v /share/work/huangls/piplines/omicsclass/pop-evol-gwas/scripts/:/work/scripts -v /share/nas1/huangls/test/gwas_rice:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0这条命令,怎么进行修改