问题 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

问题 一个植株怎么做出4个生物学重复？

问题 GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

老师您好，想请教您个问题，我有两年数据，两年合在一起的数据和20220年数据分析正常，但是2025年的数据分析异常，用tassel分析了一般线性模型和混合线性模型，用GEMMA做了一般线性模型，结果都如图所示，运算脚本 tassel GLM...

问题 构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

...f/${i}.longest_isoform.gff3 ; done     由于我的基因组较多，113个，所以先做了这一步。运行了好几个小时，结果里有所有基因组的agat.log文件，但查看bed，cds，gff目录下只有4个基因组的名称，内容为空，是怎么回事呢？

问题 老师，一般在鉴定基因家族成员时，成员最少为多少个就可以做家族分析，还是不管多少个都可以做，我想着少于5个的话是不是做出来的那些图就不太好看了，就不适合做了

问题 使用mega做树NJ树做不出总是出问题，删除gap也不行，但是ML可以做出，之前什么都可以做出来，就是又新加了几个基因，但是这几个基因没什么问题，是结构域不对吗

上面是图片 这是出现的问题

问题 目前三代全长转录组测序建几个文库？

问题 怎么做3个物种之间的共线性分析

问题 iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件后运行该命令，出现报错，报错内容如下图： phy文件检查了一下序列部分都是IUPAC nucleotide code所对应的字母，也含有"."这个字符。另外就是第一列的物种名中含有“F”、“L”、“P”这...

问题 老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

问题 老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

问题 老师，想问一下您，用blastp方法做基因家族成员鉴定时，鉴定到了51个成员，其中有几个成员的蛋白序列相似性大于98%，但是位于不同染色体上，这种是否需要删除多余的，只保留一条就够了？

文章 蛋白质等电点的计算

...算蛋白质组中所有蛋白序列的等电点。采用Bioython中的几个函数进行计算，代码如下： from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis from Bio import SeqIO # 指定蛋白序列的fasta文件 protein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列，计算等电...

问题 基因家族只有2个基因，可以做共线性分析吗，想检测一下有无复制基因对

2个基因在同一染色体上，位置接近

文章 ceRNA网络构建

...、假基因（pseudogenes）。如下图： 在ceRNA的概念中有两个关键词，竞争和内源，内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在，而竞争就是这个调控机制的核心。 比如：miRNA可通过抑制目的基因mRNA的翻译，或促进mRNA降解来...