使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件后运行该命令，出现报错，报错内容如下图： phy文件检查了一下序列部分都是IUPAC nucleotide code所对应的字母，也含有"."这个字符。另外就是第一列的物种名中含有“F”、“L”、“P”这...
...算蛋白质组中所有蛋白序列的等电点。采用Bioython中的几个函数进行计算，代码如下： from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis from Bio import SeqIO # 指定蛋白序列的fasta文件 protein_file = "protein.fasta" # 遍历每一条蛋白序列，计算等电...
...如下，有些有ID但是序列为空，有些（RmPMTID_loc.txt中最后3个）连ID号都没有出现在结果里。 RMU_r2.0_genome.fa为基因组序列 RmPMTID_loc.txt为基因位置信息 猜想基因不存在于序列文件中？ 但是序列为空的基因如Rmu_ssc0000138.1-g000001....
使用方法: $Rscript ../scripts/mclust_analysis.r -h usage: ../scripts/mclust_analysis.r [-h] -i gene_data -m metadata [--mclust] [-g group] [-n model_name] [-o outdir] [-p prefix] mclust analysis:https://www.omicsclass.com/...
...、假基因（pseudogenes）。如下图： 在ceRNA的概念中有两个关键词，竞争和内源，内源指的是这个调控机制本来在生物体内就存在，而竞争就是这个调控机制的核心。 比如：miRNA可通过抑制目的基因mRNA的翻译，或促进mRNA降解来...
...1:1000, 550, replace = FALSE);E <- sample(1:1000, 375, replace = FALSE);G <- sample(1:1000, 200, replace = FALSE);H <- sample(1:1000, 777, replace = FALSE);dataForVennDiagram <- list(A=A, B=B, C=C, D=D, E=E, G=G,H=H)#vennDiagramColors <- c('#EA4335', '#FBBC05', '#34A853', '#4285F4', '...
在做基因家族分析时，感兴趣的蛋白含有2个以上保守结构域，对应的有多个pfm号。请问这种情况怎么处理？是分别用不同的pfm号去搜索蛋白然后再合并在一起进行分析吗？
感觉后面的代码都是基于绿色框框的2个文件在做分析 那红色框内的2个.sam文件有啥用吗？占用存储有点大 可以删掉这2个吗 在跑后续的k2物种注释、蛋白质预测、KEGG注释等分析之前
...群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分...
（1）从一个文件a提取第10至20个序列存到另一个文件b： awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta （2）将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中： awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' i...
老师，您好，我有个问题想要请教您，就是关于基因组之间的比对，如拟南芥，葡萄，毛果杨等物种之间进行orthMCL然后比对，得到一个VN图，找到一些比如毛果杨特有的基因，我应该去报学那个课程呀？或者有没有相关的课程呀...
type分为了三个，代码对比了两个，出现了下面的问题 问题： --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your learning R language: https://study.omicsclass.com/index Failed to create bus connect...