问题 根据log文件判断进化树最佳模型

老师好，课程上讲的是打开log文件看best-fit model但是我打开我的log文件后没看到这几个单词，您可以帮我看一下我这个结果里面哪个代表了最佳模型吗，谢谢老师 结果如下：  1 IQ-TREE multicore version 2.2.2.2 COVID-edition for Linux 64-bit ...

问题 isoseq3使用问题

...个指令来安装的）。这个感觉是官方的漏洞？我看了这个软件的工作流程，refine 实现了将转录本间连接物去除的功能。请问，没有refine 这步会影响最后的结果吗？

问题 获取保守结构域序列

...fa号，我用种子序列建立然后进行blast，然而得到结果是m8格式，不是hmmsearch搜索的结果，所以我没法用课程中提供的script/domain_xulie.pl提取保守结构域序列，请问有其他的方法或者脚本吗？谢谢 下面是利用hmmsearch搜索的结果文件...

文章 带推断线的进化树

...，效果如下图： 1.准备数据 准备3个文件，其中两个nwk格式的树文件，一个为主干树（共识树，通常可以是iqtree等构树软件的最终结果），一个是自举树。另外需要准备一个样本分类的文件(group.txt)，一共两列，第一列为样本名...

问题 拟南芥UVR8有7个RCC1蛋白保守结构域，在之前一些文献的图片中可以直观的看到，为什么现在输入序列，结果却是长长的一条，怎么才能做出文献中那种图？求解，谢谢

问题 在做WGCNA分析时，基因表达数据文件的基因的ID在最后一列，由于数据量很大，改动可能造成数据混乱，所以想请问一下，代码需要做怎么的改动让他识别左后一行才是名称呢？

问题 老师，您好！在构建进化树时MEGA7中出现了如图的提示，但是可以构建完整的进化树，只是美化进化树时，将nwk 文件提交到网站并不能形成进化树，让我验证进化树，这是怎么回事呢？

问题 老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择第一个结构域进行后续分析 sed -i "s/_.*$/_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa

问题 docker创建共享文件夹失败，docker run rm it -v D:\gwas anlysisl:work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.2命令后出现invalid reference format怎么解决

问题 新手小白，刚开始学习docker，想问一下，做泛基因家族分析最开始，怎么将老师服务器中使用的加载环境变量用到的env.sh（还有老师课程中一些其他必须要用到脚本）粘贴到docker中呢

问题 perl $scriptdir/vcf2hmp.pl all_clean.vcf.gz hapmap.txt.gz始终显示找不到脚本，但脚本在我设置的路径中，不知道该怎么解决

问题 老师您好，docker镜像加速后，下载你们的gwas镜像时，总是pull了一半，剩下的立刻就没反应了，尝试了几十次，这个怎么回事?

网络正常，docker安装正常，买的你们的win11系统的docker安装教程，docker加速了，但是pull了一半，显示成功pull了一半，然后剩下的就突然停止了，然后自动开始pull,然后就显示错误，error pulling image configuration: download failed after attemp...

问题 Rstudio读不出文件中的数据

...哪里。 下面两张图是我准备的FPKM的数据文件：xsl和txt格式的。 烦请解答，十分感谢！

问题 WGCNA TOM可视化报错

老师，我在跑wgcna输出cytoscape格式文件时报错，具体为跑TOM = TOMsimilarityFromExpr(datExpr, power = 14)这一步时显示problem: 12108005 TOM entries are larger than 1. 例如： TOM greater than 1: actual value: 1.175767, i: 18586, j: 18578 TOM greater than 1: actual value: 1...

问题 在跑单倍型时，出现这个报错，怎么解决

Rscript $scriptsdir/hap_analysis.r -v BnaA03G0131100ZS.recode.vcf -g $datadir/ZS11.v0.gff3 -p $datadir/huaqi2025.txt -G $datadir/group.txt -c scaffoldA01 -s 6643999 -e 6644632 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omi...