问题 泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

请问老师在上课做26个玉米基因组的基因家族成员鉴定等分析时，用的是docker run -it -m 3G -v/home/us132/pan-gene-family:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0镜像，而做泛基因集列表时用的是docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v ...

问题 基因家族鉴定

老师好，我问一下：假如原始序列有5个结构域，我鉴定出来的有4个结构域，这个序列还要不要保留？

问题 GWAS分析

老师，请问我GWAS关联到的，显著信号区域内的几个基因，在选择清楚分析中也是信号显著，但是在我的两个分组中的表达量是没有显著差异的。这样要如何解释呢

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，在第一步数据处理，保留编码蛋白基因，及最长转录本时，出现报错，这个对后续分析有影响嘛

文章 生信挖掘GEO+TCGA 文献速览

...单细胞测序结合bulk测序纯生信 ：LUAD的scRNA-seq进行了全面分析，以剖析肿瘤浸润NK细胞的分子特征并识别标记基因。随后，作者构建了一个NK细胞标记基因特征（NKCMGS），并分析该特征与LUAD预后和免疫治疗反应之间的关系。Song P,...

文章 分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较

在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要分析的基因家族有蛋白保守...

问题 基因家族分析

我用最新版的基因组数据进行序列相似性（blastp）和结构域分析，得到的基因家族个数只有别人文章里的一半。请问您觉得我是哪里出问题了？您有更准确的基因家族鉴定的方法嘛？

问题 CoNet分析按照设置报错

CoNet分析按照设置报错，是否对样本数量有最低要求。

问题 OTU分析时报错

您好，我看到您在十一月中旬提问OTU分析时报错，请问您现在解决了么，我和您碰到了一样的问题，想向您求助。

问题 用MENA对16S OTU进行网络图分析

老师您好！请问用MENA对16S 的OTU进行网络图分析的时候，为什么上传的原始数据的OTU ID和最后分析出来的node name并不是对应的？如原始数据中的ID是OTU1-900，但是分析后node name就会变成V4-16S+数字或者别的数字，那这样的话，在用cy...

问题 请问GWAS分析中的D-block图有人会做吗？

生信小白第一次做GWAS分析，有分析过的大神可以讲解一下GWAS这类文章的分析流程吗？听说D-block图会被用上，所以现在正在学习如何做这个图，请问有会做的吗？

问题 PSMC分析

老师，您好，我做出来的关于PSMC分析的图，横坐标是104次方到10的6次方年，我看很多文献的跨度很大，有的从10的2次方或者10的3次方开始，请问老师这个横坐标的距离是什么决定的？怎么更改呢？

问题 生存分析

...想知道是哪些基因导致男性患者预后更差，接下去的生存分析，我只在男性患者中做，还是全部患者中做，以及结果该怎么解释。

问题 GO和KEGG富集分析keytype选择？

您好，请问一下我现在要分析的拟南芥，org.At.tair.db及分析所需的包已经安装，我的DEG_list里的ID是AT3G24240（应该是ensembl ID）,keytype应该填什么啊？谢谢！

问题 扩增子高级分析R语言代码

老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value