文章 水稻根际微生物多样性分析

... 3、  根据OUT在各样本的丰度计算其相关性，发现了11个可能与甲烷循环相关的OUT模块（如下图A，每个圆圈代表1个OUT，不同颜色代表不同的OUT模块，皮尔逊相关性系数大于0.6的OUT则用线相连，线越短相关性越强）。 4、  ...

问题 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

这样的试验设计是否可以回答120个品种，样本太少的问题。

文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...量测序，并用现在十分火热的机器学习的方法成功找到5个OTU可作为CKD的诊断标志物，可区分患者与对照AUC值达到0.9887。下面来解释一下作者是如何设计实验和分析的：实验设计：作者在郑州和杭州两地收集健康和CKD患者的粪便...

问题 老师你好，我在紫花苜蓿的全基因组数据库中通过Blast比对得到76个WOX家族基因，这76个基因的序列都是不同的，但有的很相似，可能是同源基因，用不用去冗余

问题 GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

老师您好，想请教您个问题，我有两年数据，两年合在一起的数据和20220年数据分析正常，但是2025年的数据分析异常，用tassel分析了一般线性模型和混合线性模型，用GEMMA做了一般线性模型，结果都如图所示，运算脚本 tassel GLM...

问题 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

文章 实验研究中的肿瘤细胞从哪来?肿瘤细胞详解

...胞的来龙去脉吧。 实验研究中的肿瘤细胞 为了在体外更好地研究肿瘤，自人类第一次成功从名为Hela的癌症患者身上分离出Hela细胞，并在体外培养成功过后，这66年以来已被广泛应用于肿瘤研究，成为医学研究中十分重要的工...

问题 一个植株怎么做出4个生物学重复？

问题 构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

...f/${i}.longest_isoform.gff3 ; done     由于我的基因组较多，113个，所以先做了这一步。运行了好几个小时，结果里有所有基因组的agat.log文件，但查看bed，cds，gff目录下只有4个基因组的名称，内容为空，是怎么回事呢？

问题 老师，一般在鉴定基因家族成员时，成员最少为多少个就可以做家族分析，还是不管多少个都可以做，我想着少于5个的话是不是做出来的那些图就不太好看了，就不适合做了

文章 GSEA法基因功能富集分析原理详解！

...家是不是还是很疑惑？下面我们就借助一张图来帮助大家更好的理解GSEA的分析原理。  GSEA分析原理： 第一步  基因排序： 如上图左边的热图所示，GSEA分析的第一步就是利用所有基因的表达数据，然后计算每个基因在两...

问题 目前三代全长转录组测序建几个文库？

问题 怎么做3个物种之间的共线性分析

问题 使用mega做树NJ树做不出总是出问题，删除gap也不行，但是ML可以做出，之前什么都可以做出来，就是又新加了几个基因，但是这几个基因没什么问题，是结构域不对吗

上面是图片 这是出现的问题

问题 老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路