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问题 老师我已经用gemma找到了显著位点,现在想将两位点之间连锁平衡程度r方大于0.35,且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl,应该用什么命令啊?

问题 老师 就是 您在重测序课程里面里面用vcftools工具过滤和群体遗传过滤的条件有一点一样 那个才是对的或者两个都对 我截屏放一次下面啦 您看一下

问题 seqclean出错

...00.data/UniVec::11:0' -c '/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/bin/seqclean.psx' Error at 'psx -p 1  -n 10000  -i genome.repeat.fa -d cleaning -C '/work/12.EVM/00.data/genome.repeat.fa:ANLMS100:/work/12.EVM/00.data/UniVec::11:0' -c '/share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2...

文章 evolview 3.0最新更新美化进化树

.../www.omicsclass.com/article/671 最近evolview 已经更新到全新的3.0版本:https://www.evolgenius.info/evolview/ 又发了一篇NAR级别的文章,很是让人羡慕: Balakrishnan Subramanian, Shenghan Gao, Martin J Lercher, Songnian Hu, Wei-Hua Chen, Evolview v3: a webserver for visu...

文章 CAR-T质量检测ELISA试剂盒常见问题解析

...子释放检测是CAR-T细胞功能检测的重要环节。除此之外,容忽视的是CAR-T生产工艺过程中引入的杂质检测,如细胞因子残留检测。细胞因子ELISA检测试剂盒可以通过检测代表性细胞因子的表达来评估CAR-T细胞对靶细胞的杀伤活性...

文章 软件fastsimcoal2输入文件说明

...on samples (demes) 2 //Population effective sizes (number of genes),如果知道可以写成NPOP1、NPOP2 1000 NPOP //Samples sizes:样本数目 5 5 //Growth rates: 往后的负增长表明在前期发生了种群扩张 0 0 //Number of migration matrices : 0 implies no migration between demes ...

文章 R语言中%>% 作用

...性,尤其是在处理数据框的多个操作时。 在R的现代数据分析工作流中,%>% 是非常常用的操作符。

问题 基因家族分析

老师,我在对小麦的某个基因家族进行分析时,这个基因家族的结构域有3种,是分别独立存在的,那我进行分析的时候是3种都分析,还是只需要分析主要的一种?如果是3种都分析,那我是在比对完hmm模型后,是3种分别进行?...

问题 老师您好,利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行,和老师讲的格式完全一样,如下图,我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗?知道该怎么解决了,请求老师指点一下

我得到的PTR2_remove_redundant_IDlist.txt如下我的gff文件如下 执行命令所用的PTR2_domain_new_out_selected文件 执行命令所用的mRNA2geneID文件

问题 老师,我这里有一个物种的3条基因,序列的相似度都在60%以上,smart预测都是有相同的结构域,他们是属于同的序列,还是发生了基因复制?如何进行判断,知道从哪里入手。

问题 扩增子分析 :qiime2分析-多样性分析alpha-beta-差异比较等 课程中的问题

#添加分类信息时报错 这是用qiime2分析完数据后,再利用qiime分析时候报错 #自己用服务器进入的ampliseq-q1:v1.2使用的命令:docker run --rm -v /disk1/liuh/qiime2:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 请老师帮忙解答一下,谢谢。

文章 生物导航——专为生命科学工作者定制的浏览器首页!

...症测序、小RNA、蛋白组研究相关数据库; 生信·工具:在线绘制venn图,热图、进化树、PCA图,转录因子、小RNA靶基因、蛋白3D结构的预测,代谢通路、基因功能的注释等; 生信·高级:R语言基础、绘图,Python、linux学习网站...

文章 微生物PCA分析和PCOA分析差别

定义: 主成分分析PCA(Principalcomponent analysis)是一种研究数据相似性或差异性的可视化方法,采取降维的思想,PCA 可以找到距离矩阵中最主要的坐标,把复杂的数据用一系列的特征值和特征向量进行排序后,选择主要的前几...

问题 手动分析跟MCSanx分析出来串联重复基因一样吗

我自己手动分析没有找到串联重复基因,但是MCSanx组内分析时看他的tandem文件发现有串联重复基因,我应该信哪一个呢

问题 群体分析的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

群体分析的文件里面没有dadi分析的代码和脚本