miRNA测序遇到两个问题： 1.mibase数据库小鼠的前提和成熟miRNA参考基因组怎么找？是直接查找下载里边的吗？搜小鼠的该怎么搜索 2.代码中-k 接头序列，如果是Illumina双端测序样本选择P5还是P7，或者是样本的R1R2分开测
老师就是这个阈值计算，您的R里面需要提供3个参数，能否指导下这三个参数分别是什么呢？或者有没有示例数据和代码呢？这个我研究了好久都没搞懂 谢谢老师！ https://www.omicsclass.com/article/1305就是这个链接里面的R代码
下面是某篇文章中的热图，原始转录组数据是每个处理都有三个重复，但热图中却没有体现出重复，是对三次重复表达量取了平均值绘制的吗？取得话应该怎么取呢？
...t;-(*tmp*, value = *vtmp*) : invalid indexing这种报错，我想可能是数据格式的问题，但是具体是什么问题也不知道，能麻烦不吝赐教吗，感谢
...有了一台远程linux服务器的时候，我们需要把我们本地的数据上传到服务器上去运行，然后把运行后的结果下载下来，这个时候就要用法ftp链接软件Filezilla了,这里给大家介绍这个软件的安装与使用: 1.下载软件地址：https://filezill...
...中。 聚类使用的为R中的聚类软件包，所针对的数据为union_for_cluster（差异基因的并集），以基因的相对表达水平值log2(ratios) 进行聚类。其采用相应的距离算法，算出每个基因之间的距离，然后通过反复迭代，计算基因...
热图与近缘物种共线性图.pdf 老师们好，我的附件中有打断挂载和未打断挂载的allhic两种热图结果，以及与近缘性物种比对的结果，contigs级别的近缘物种基本呈一条直线，allhic后就出现了问题。我使用的是hifi和hic数据。
...入，不知道如何择选的，因为genecode上面没有单独mRNA这个数据包 也根据视频下载的是核染色体的基因注释，这就使得非编码和编码的都包含了，这个从我打开文本也可以看出是这样的。 然后我想获取编码RNA，我之前没仔细下...
...过实操来展示一下iTOL进行进化树美化的基础操作。 一、数据准备 在进化树绘制之前要进行进化树构建，进化树构建分为两步： 多序列比对：准备一组氨基酸序列或蛋白质序列，多序列比对常用软件为muscle、mafft和clustalW，...
...围。本课题组依托海峡联合研究院代谢组学中心、农林大数据中心，以及国家菌草工程技术中心科研平台开展工作。 课题组介绍： 转录系统生物学实验室（Transysbio Lab）的研究目标是——探索表观基因组特征调控转录的机...
...，默认是0.5max_iter最大迭代次数pca表示是否对输入的原始数据进行PCA分析，然后用分析后的数据进行后续分析，默认TRUE 使用举例： #降维验证分组#####t-SNERscript $scriptdir/tsne_analysis.r -i immu/ssgsea.res.tsv -m metadata.group.tsv \ -o tsne -g...
...们并没有明显地推广应用到成群直系同源关系确定。COGs数据库率先使用两对同源物的“三角关系”来建立多物种的直系同源组 (辅以手工矫正)。OrthoMCL则使用马尔可夫聚类法来代替。然而，OrthoMCL的一个问题是，基因同源群的粒...
... 输出的转录本名称前缀 (default: MSTRG) 如果您对转录组数据分析感兴趣的话，可以学习我的课程：《有参转录组数据分析》
...Tcf7基因启动子中的β-catenin、RNAP和QPCR进行IPs检测。这些数据是与IgG阴性对照IP相关的。（E）Ca-βcat和TOP-FLASH共转染-/+Rorβ，48小时后测定荧光素酶活性（n=6）。（F）收集处理细胞的CM，ELISA法测定OPG蛋白水平。（G）骨髓源性破骨...
...造成不必要的计算，因为有些代码段并没有修改，依赖的数据也没有改变。 knitr提供了缓存功能， 代码段选项cache=TRUE对代码段打开缓存，允许暂存上次运行的结果（包括文本结果和图形）而不需要重复运行代码段。当代码段被...