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问题 WGCNA中想做一个样本——模块热图,求指教

...上的一个问题,不知您当初解决了没有。因为我没有性状数据,也想做一个样本——模块热图,请问那个矩阵该怎么建立,以及想厚着脸皮问问您有没有R的代码。         冒昧向您请教,还请包涵,祝您身体健康,生活愉快。...

问题 R语言画的图片字体倾斜

我在自己电脑画图出现下面的情况,用同样的数据和代码在其他3个电脑上没有问题,请教一下,我电脑哪里出问题了?dat<-read.table("",header=T,row.names=1)dat<-as.matrix(dat)head(dat) barplot(dat,col=colors()[],beside=T, space=c(0,1),ylim=c(0,20),ylab...

问题 老师,您好,我想咨询一下转录组测序相关系数的问题。

...低于样品间(组间)相关系数(0.8-0.9),我想知道这样数据还能用吗?

文章 perl 从数组随机抽取元素

...中的shuffle子程序,List::Util模块是Perl中专门用于处理列表数据的一个模块。 方法如下: use List::Util qw(shuffle);my @shuffled_nums = shuffle(1..10);   # 3 9 8 5 6 4 1 10 2 7                my @shuffled_name = shuffle('A'..'G');# F...

文章 文件夹名称中存在空格,scp如何正确识别

用scp传递数据的时候发现因为文件夹中存在空格的问题导致文件夹的名称不能正确的被识别: 出现了报错信息“No such file or directory”这个时候我们可以用双引号+反斜线对文件名中的空格部分进行处理,即整个路径名称用双引...

问题 实验室买服务器,咨询一下

...配制,内存是不是应该配的更大些?平时就是分析转录组数据,目前没有做基因组。硬盘准备换成8tb的。 另外想问一下朴赛这个牌子靠谱吗?我看他们也是组装的,好像在网上有点名气。28999元这个配制(至强铂金双路8175M ,12...

问题 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

如题:python3.7 环境,Orthofinder最新版本,运行demo数据没问题 需要比对的序列长度不一,psi-blast比对是可以比上的。拿到这些数据单独再去比较就出现了报错。请问出现这个报错是不是说明没有找到 再用 MCL 聚类 得到 Orthogroups...

问题 到底选哪些样品构建WGCNA

...备构建加权网络。但是这里用于构建加权网络的差异基因数据是要用哪些样品的?单单拿癌的good samp的差异基因表达矩阵来构建WGCNA?还是癌和癌旁的good sample的差异基因表达矩阵都一起拿来构建。如果癌和癌旁都要导入的话,...

问题 为何我研究的物种设计snp引物时,输出引物文件的excel是空的

仔细研究了一下课程里面带的拟南芥的示例数据和格式没什么问题,但是运行之后输出的结果为空

文章 NCBI 蛋白数据库分库

1.下载数据: #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/...

问题 Mfuzz进行时间序列表达模式聚类分析只有一条线?

我的数据格式如上图, R 出的图片:只有一条线  求助大佬是什么原因?

文章 R语言绘制差异表达火山图

...置FC和FDR的阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3.读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work") data<-read.table("Volcano.txt", header=TRUE,sep = "\t") 数据格式如下(表头不要改): ID FDR log2FC sign Trans_newGene_1010 0.1719571 -0.327617885 NA Tra...

问题 老师你好。提取cds与pep序列报错显示 no sequence

提取cds与pep序列报错显示 no sequence,我检查了下数据文件,我看好像是gff3中有chr1这个的,请问是啥原因呀

文章 dell 服务器R430硬盘移除报错

...解决: 以下是将foreign硬盘导入阵列卡的步骤,请在确保数据备份好的时候操作,仅供参考.   开机过程看到ctrl-R提示时马上按下ctrl-R以进入阵列卡配置界面. 在VD Mgmt界面下,将高亮条移到最上一行,按F2,选择foreign config下的Import. ...

文章 芥菜生长素受体蛋白 TIR1/AFBs基因家族分析文章解读

...14.日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做...