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文章 文件夹名称中存在空格,scp如何正确识别

用scp传递数据的时候发现因为文件夹中存在空格的问题导致文件夹的名称不能正确的被识别: 出现了报错信息“No such file or directory”这个时候我们可以用双引号+反斜线对文件名中的空格部分进行处理,即整个路径名称用双引...

问题 实验室买服务器,咨询一下

...配制,内存是不是应该配的更大些?平时就是分析转录组数据,目前没有做基因组。硬盘准备换成8tb的。 另外想问一下朴赛这个牌子靠谱吗?我看他们也是组装的,好像在网上有点名气。28999元这个配制(至强铂金双路8175M ,12...

问题 到底选哪些样品构建WGCNA

...备构建加权网络。但是这里用于构建加权网络的差异基因数据是要用哪些样品的?单单拿癌的good samp的差异基因表达矩阵来构建WGCNA?还是癌和癌旁的good sample的差异基因表达矩阵都一起拿来构建。如果癌和癌旁都要导入的话,...

问题 为何我研究的物种设计snp引物时,输出引物文件的excel是空的

仔细研究了一下课程里面带的拟南芥的示例数据和格式没什么问题,但是运行之后输出的结果为空

问题 Mfuzz进行时间序列表达模式聚类分析只有一条线?

我的数据格式如上图, R 出的图片:只有一条线  求助大佬是什么原因?

文章 NCBI 蛋白数据库分库

1.下载数据: #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/...

文章 dell 服务器R430硬盘移除报错

...解决: 以下是将foreign硬盘导入阵列卡的步骤,请在确保数据备份好的时候操作,仅供参考.   开机过程看到ctrl-R提示时马上按下ctrl-R以进入阵列卡配置界面. 在VD Mgmt界面下,将高亮条移到最上一行,按F2,选择foreign config下的Import. ...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...置FC和FDR的阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3.读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work") data<-read.table("Volcano.txt", header=TRUE,sep = "\t") 数据格式如下(表头不要改): ID FDR log2FC sign Trans_newGene_1010 0.1719571 -0.327617885 NA Tra...

问题 关于单倍型分析的问题

...on using 3,000 rice genome data。这个snp是指vcf文件中0|1,0|0,这种数据吗?还是来自一条染色体某区段的snp位点的组合? 我在http://server.ncgr.ac.cn/RiceHap3/这个网站下载了genotype文件,打开之后如下图片,但是每个个体只显示了一个碱基...

文章 Remote Explorer for vscode

...间的流逝,他会让你的家目录越来越臃肿,因为他的缓存数据.vscode-server默认存放在你的家目录, 但是该拓展内置了解决办法首先如上图红线所示进入设置,在搜索框键入以下标签 Remote.SSH: Server Install Path 随后设置自己的item...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

...支持: 包括人、小鼠、大鼠、斑马鱼等多个模式生物。多数据源聚合: 聚合了来自NCBI、Ensembl、UniProt等多个主流数据库的数据。灵活的查询: 支持多种类型的基因标识符。批量操作: 支持批量获取和注释,提高工作效率。多语言支...

问题 关于泛基因组的pangene.list

...?persistentId=doi:10.17617/3.AEOJBL)中未找到该List,向原作者要数据会有些困难,请问这个List是否重要的事泛基因编号,我是否可以通过别的方法从而进行泛基因组家族分析的PAV分析,谢谢老师

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...该组资料必须服从正态分布;若是配对样本T检验,每对数据的差值必须服从正态分布;若是独立样本T检验,个体之前相互独立,两组资料均取自正态分布的总体,并满足方差齐性。之所以需要这些前提条件,是因为必须在这样...

文章 R语言-相关性矩阵分析

...,得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。  例如如下数据: log2Ratio_miR   log2Ratio_Gene-1.43072567351625       1.37874741391777-1.43072567351625       1.11756970634256-1.43072567351625       1.67994238012443-1.43072567351625       3.05079253633835-1.43072567...

问题 老师,请问sample type出现这种情况怎么解决,麻烦老师解惑一下,谢谢啦。

...##############################################> # 1. 下载TCGA甲基化数据> ############################################################> # 查询需要下载的甲基化数据(本次分析只下载肿瘤样本)> query.met <- GDCquery(project = tcga_project, +          ...