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问题 mysql database里找不到文件

老师好,在做基因组注释的时候,先按照mysql_server.sh的流程设置了一遍,没有修改任何东西。但是在运行PASA_assembly时报错,说mysql数据库里没有我的物种。我记得视频里您也没有修改。这是哪一步出问题了呢?

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题2

你好,我在服务器上运行work.sh脚本,用的是示例数据,在做这一步时报错了,请问改怎么解决?

问题 基因组偏大

...基因组大小估计的每个品种测序50G,大约30×,目前用hifi数据组装了最初版基因组,组出来的基因组偏大,再怎么处理呢?文献中的图表如下

文章 TCGA中癌症的名称,简写和中文名称

TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称 Cohort 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell car...

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...中KUP基因家族鉴定 首先,作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型;基于这个模型再利用hmmer搜索木薯基因组当中所有的K...

问题 NCBI下载基因组文件作基因家族分析

从NCBI数据库下载的基因组文件作基因家族分析和Ensembl下载的文件有哪些区别,需要怎么转换文件,gff和gff3文件差异还是挺大,

问题 raw data和clean data有什么区别?

我做了些转录组,测序公司给原始数据的时候说是有raw data和clean data之分,请问这两者有什么区别?

问题 糖苷水解酶家族1 在茶树染色体的定位图

如何绘制染色体定位图? 这部分数据在基因组里找吗?哪个文件呀?

文章 R语言的小tip

...使用size参数时,将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放,使之落入0-1区间:x=(x-min)/(max-min)

问题 如何添加内参物种构建进化树

...但是我们没有重测序这些需要添加的内参物种,拿不到snp数据,我知道该怎么办了,请老师指点迷津,十分感谢。

问题 如何计算LD衰减到一半时的衰减距离?

老师,这个二分之一r仿4的数据是从哪个文件中可以看到?是stat.gz这个文件里还是ld.bin.gz文件里?

文章 Perl脚本报错解析:annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...般是在运行第三步注释的时候出现,发生在处理基因变异数据时,coding_change.pl 脚本无法正确解析exonic_variant_function文件中的特定行格式。 Error: invalid record found in exonic_variant_functionfile (exonic format error) coding_change.pl脚本是在数据...

文章 docker 工具高级用法

...像默认进入/work目录,然后通过-v选项把我们系统里面的数据文件目录映射到容器中,这样就可以在/work目录分析数据了。但是仅仅会使用我们组学大讲堂提供的镜像有些局限,这里我给大家举例介绍一些大家在使用docker工具分析...

问题 用iTOL美化进化树时出现如下问题,求解答。

修改分支颜色时,就显示如右上角无法保存修改,拖拽数据时,也显示无法识别,用自己的文件和实例文件都是这样,求解答。

问题 关于基因组注释中mysql 语句创建用户的问题

老师您好,我在用mysql 语句  创建用户 使PASA可以访问数据库时,出现如下错误该如何解决