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问题 甲基化探针cg号转换为基因名

老师您好，我下载了tcga甲基化芯片数据，其中一个甲基化位点的cg号对应了多个基因，请问我在将cg号转换为基因名应当如何做？ 比如下面这个探针号对应了三个基因名

问题 医学癌症TCGA-差异基因表达分析课程代码报错

老师您好，我按照视频课程的代码运行到保存数据的时候出现这个报错，但是看不懂什么原因，请问怎么解决呀

问题 mysql database里找不到文件

老师好，在做基因组注释的时候，先按照mysql_server.sh的流程设置了一遍，没有修改任何东西。但是在运行PASA_assembly时报错，说mysql数据库里没有我的物种。我记得视频里您也没有修改。这是哪一步出问题了呢？

问题 群体研究合辑work.sh脚本运行问题2

你好，我在服务器上运行work.sh脚本，用的是示例数据，在做这一步时报错了，请问改怎么解决？

问题 基因组偏大

...基因组大小估计的每个品种测序50G，大约30×，目前用hifi数据组装了最初版基因组，组出来的基因组偏大，再怎么处理呢？文献中的图表如下

问题 NCBI下载基因组文件作基因家族分析

从NCBI数据库下载的基因组文件作基因家族分析和Ensembl下载的文件有哪些区别，需要怎么转换文件，gff和gff3文件差异还是挺大，

问题 raw data和clean data有什么区别？

我做了些转录组，测序公司给原始数据的时候说是有raw data和clean data之分，请问这两者有什么区别？

问题 糖苷水解酶家族1 在茶树染色体的定位图

如何绘制染色体定位图？ 这部分数据在基因组里找吗？哪个文件呀？

文章 R语言的小tip

...使用size参数时，将字号用函数I()引起来 0-1标准化是指将数据按比例缩放，使之落入0-1区间：x=（x-min）/（max-min）

文章 TCGA中癌症的名称，简写和中文名称

TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称 Cohort 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamous cell car...

问题 如何添加内参物种构建进化树

...但是我们没有重测序这些需要添加的内参物种，拿不到snp数据，我知道该怎么办了，请老师指点迷津，十分感谢。

文章 木薯KUP基因家族分析-基因组质量差也挡不住基因家族鉴定分析

...中KUP基因家族鉴定 首先，作者从UniPort and RGAP蛋白质收录数据库网站中分别下载拟南芥和水稻中KUP家族基因的蛋白序列作为种子序列建立KUP基因家族基因的HMM隐马尔科夫模型；基于这个模型再利用hmmer搜索木薯基因组当中所有的K...

问题 如何计算LD衰减到一半时的衰减距离？

老师，这个二分之一r仿4的数据是从哪个文件中可以看到？是stat.gz这个文件里还是ld.bin.gz文件里？

问题 用iTOL美化进化树时出现如下问题，求解答。

修改分支颜色时，就显示如右上角无法保存修改，拖拽数据时，也显示无法识别，用自己的文件和实例文件都是这样，求解答。

问题 关于基因组注释中mysql 语句创建用户的问题

老师您好，我在用mysql 语句  创建用户 使PASA可以访问数据库时，出现如下错误该如何解决