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文章 分组柱状图--ggplot2

利用ggplot2绘制分组柱状图，并进行组内分隔。 加载R包、设置数据 library('ggplot2')library('reshape2')A = c("A","B","C","D","E")B = c(90,34,56,99,15)C = c(50,20,24,70,14)dat = data.frame(A,B,C)names(dat) = c("type","sample1","sample2")dat = melt(dat,variable.name="Sample",va...

文章 使用Python jcvi 时遇到的报错 ，如：FileNotFoundError，如何解决

...rc 或者.bash_profile ， 可以先重新启动终端。           2.如果是之前安装的程序，可以对其进行升级，升级之后，旧版的没有删掉的话，新版的安装路             径以及所依赖的库，（尤其像Python，需要依赖很多库），要...

文章 寿命表法计算中位生存期

...vial ~ 1) # # n events median 0.95LCL 0.95UCL ## 307 60 2888 2052 NA  从结果可知，中位生存时间为2888天。生存曲线如下： # 绘制生存曲线 plot(kmfit,conf.int = F,mark.time = F) #绘制一条中位生存期对应红线 abline(h=0.5,lty=2,col="r...

文章 删除linux文件行尾^M符号

...式下输入     :set fileformat=unix     保存退出     :wq 2. 用dos2unix工具：前提Linux安装了dos2unix     dos2unix [filename] 3. 使用sed 工具：需要注意打^M时应输入Ctrl+v+m，长按Ctrl依次点击v和m键，而不是数字6上的^符号。    sed ’s/...

文章 Pheatmap绘制多分组热图

首先是准备材料： 1.R包 2.绘图数据 install.packages('pheatmap')#安装R包 library(pheatmap)#加载R包  画图 画个基础图形 Rscript  heatmap.r -i fpkm.txt -s -n heatmap绘制图形，并保存文件。 画的图拍你可以根据自己的喜好进行调整，包括横, ...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

... | #1 | INV | Invertebrates | | #2 | MAM | Mammals | | #3 | PHG | Phages | | #4 | PLN | Plants and Fungi | | #5 | PRI | ...

问题 在使用组学大讲堂中介绍的方法计算Kaks时，系统结果生成的文件里面没有内容，求老师们告知原因。

命令输入如下： 使用Editplus打开生成的文件： 奇怪的是，我同样的方法做了5组基因，有2组出现这个问题。

问题 mysql镜像启动问题

.../data:/var/lib/mysql \ -v $PWD/conf:/etc/mysql \ -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=123456 \ -d mysql:5.7 老师，我按照上面的步骤操作mysql_pasa启动后1秒就自动退出了，查看docker logs 显示： 2023-04-24 13:44:46+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.42-1...

文章 为考研有多拼？——这位医学生给自己扎针醒脑！

距离2020年研究生考试还有50多天，在这个最后冲刺的阶段，你拼了没? 不知道大家有没有拼，反正这位同学是拼了： 图：来源于微博截图，侵删 “一天看书太久头晕胸闷，来两针能提神醒脑......还可以练习手法，为临床做准...

问题 基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna

基因组注释：10.PASA_update，根据fa和gff文件生成pep或者cdna文件，一直显示： No such file or directory at /share/work/biosofTransDecoder/TransDecoder-v5.5.0/util/../PerlLib/GFF3_utils2.pm line 37, <$filehandle> line 112.

文章 木薯NBS基因家族分析

...读前准备知识点 1. NBS-LRR是最大的抗性基因家族之一 ； 2. 根据N端的Domains不同NBS-LRR分为两个亚族，含TIR的TIR-NBS-LRR（TNL）和含卷曲螺旋（CC）N端结构域的 CC-NBS-LRR（CNL）。 鉴定木薯NBS-LRR基因家族成员 利用从Pfam数据库下载的...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...，用灰霉病菌孢子悬浮液和无菌水对果实进行接种，经过24h温育后进行取样。处理和对照各三个生物学重复，共6个样品。 显微镜下观察病症发展状况 收集接种24小时、36小时以及3天后的猕猴桃，在显微镜下观察病症的发展状...

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

...定位置的比对情况： 命令行如下： samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa DNA重测序比对结果： 结果说明： “.” 比对到正链;“，” 表示比对到负链;“<”或“>” 表示reference skip   RNA-seq当中内含子剪切;"...

问题 用GATK call SNP时报错

... files are not indexed. Please index all input files: samtools index SRR3274663.new.sorted.bam Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace. 这是我的命令：gatk --java-options "-Xmx20g -Djava....

文章 Horticulture Research | 基因组变异揭示了莲花的种群历史和生物适应性

...和生产价值，目前广泛分布于亚洲、大洋洲和美洲，存在2000多个种，而在中国有超过7000年的驯化历史。目前对莲的研究集中于产量及观赏价值，对其种群历史以及与灭绝和适应相关的进化问题研究很少。 2022年武汉大学生命科...