问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

... ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt ${lib}  echo -e "${lib}\tbefore\t$(grep -c ">" ${lib})\tafter\t$(grep -c ">" ${lib}noProtFinal)"done 会报错如下： Can not open the seqfile ModelerAll.lib_blast_results...

问题 老师，我在做基因家族鉴定，提取结构域序列，出现这样提示，请问怎么解决

...the Bio::SeqIO module) (@INC contains: /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/pc/miniconda3/lib/5.26.2 .) at script/domain_xulie.pl line 6. BEGIN failed--compilation a...

问题 hmmer搜索结构域

...n1_final.bed grep -v '#' WRKY_hmmerOut_final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==2 {print $1,$18,$19 }' >domain2_final.bed #截取序列 seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pep.fasta domain1_final.bed > WRKY_domain1_final.fa seqtk subseq  ../01.data_prepare/Mlu.gene.pep.fasta domain2_fina...

文章 linux下ClustalW2安装

软件下载地址： https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/help/ 打开网址可以看到有两个下载链接。 FTP和HTTP下载都可以，然后找到最新版本的linux 64位安装包。 右键复制链接地址，在linux中使用wget 命令下载。 wget  http://www.clustal.org/...

文章 ggtern 安装报错

...ading failed for package ‘ggtern’ * removing ‘/share/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/ggtern’   解决办法，下载编译好的，直接安装： wget https://cran.r-project.org/bin/macosx/contrib/4.2/ggtern_3.3.5.tgzR CMD INSTALL ggtern_3.3.5.tgz

问题 TCGA下载数据更改了工作目录

各位老师：TCGA下载数据下载了一半，又改了另外一个工作目录，结果出现下面信息，如何解决？谢谢了！

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

OrthoFinder 工作流程 使用 DIAMOND 软件 对输入序列进行 all-vs-all 序列比对。 使用 MCL（Markov Cluster Algorithm）算法 根据比对结果进行聚类，得到 直系同源组（orthogroup）。其中每个 orthogroup 的蛋白及序列信息存放在 Orthogroup_Sequences ...

文章 rocks 集群 手动安装挂载 nas存储

...服务，由于它的脆弱的验证机制，所以不适宜在internet上工作，在内网使用是非常可行的。 nfs服务端需要确定这两个包正确安装 nfs-utils rpcbind 若是ubuntu服务器，则是nfs-common，nfs-kernel-server两个包，rpcbind是默认安装的。 yum -y in...

话题 设定工作路径

文章 阿里云短信发送API笔记

...发示例包： https://help.aliyun.com/document_detail/55491.html?spm=a2c4g.11186631.6.578.161d5a6dfJUt8X 下载SDK  python短信发送包：https://help.aliyun.com/document_detail/55359.html?spm=a2c4g.11186623.2.16.39c06e44yEn8JH 然后就可以安装python包：   SDK 使用说明 概...

文章 Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair

Booting` Rocky Linux(5.14.0-427.42.1. e19_4.x86 _64) 9.4(Blue Onyx)' [ 4.862768] XFS (dm-0): Metadata CRC error detected at xfs _ bmbt _ read _ verify+0x12/0xb0 [xfs], xfs _ bmbt block 0xc9132f8 [ 4.863216] XFS(dm-0): Unmount and run xfs _ repair [ 4.863257] XFS(dm-0): First 128 bytes of corr...

问题 GEO下载报错

....) for full column specifications. File stored at:  E:/MSC,ossu-9.1/GPL6244.annot.gz Warning: 1 parsing failure. row # A tibble: 1 x 5 col     row col   expected   actual     file         expected   <int> <chr> <chr>      <chr>      <chr>  ...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

...me "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *.txt > last.txt）合成last.txt，为什么和课程里老...

文章 中小企业团队敏捷产品开发流程的最佳实践

...产品清单项提出的任何疑问。开发团队对冲刺内可交付的工作清单进行评估，并在规划结束时做出最终的承诺。Scrum Master作为教练，参与和观察整个过程，提出可能的风险点，引导和帮助开发团队做出有效的承诺。 在冲刺规...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...中获取，或者从公共数据库中下载已知的基因组序列。 2.比对算法选择： 选择适合的比对算法进行基因组比对。常用的比对算法包括Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法、BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）等。对于大规模基因组...