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问题 结构变异注释结果文件为空

老师,您好,我在进行结构变异分析的注释这一步后,发现输出的文件都是空的,前面的代码跑出来也没有问题,不知道是什么原因造成的。我的VCF文件中只有插入和缺失数据,见下图。

问题 蛋白3D结构预测

...种是利用蛋白序列在swissmodel生成模型,另一种是利用PDB数据库结合swissmodel获得模型。 这两种方式都可以,只不过最后都要利用第三方软件对3D模型进行评分。最后到底用哪种结果就是以评分高的为主呗。

文章 华西博士3年发46篇SCI论文,论文高产的秘诀你知道吗?

...列第一作者身份发表SCI论文20篇。 这是别人学校自己的数据,应该是确凿无疑的, 这样看来,四川大学华西医学院真的是牛人多啊! 写到这里,学霸姐姐对于论文高产产生了极大的兴趣, 于是,去搜了一下,世界上论文高产...

问题 基因家族分析问题

...),请问这种现象正常吗?还是基因组注释的有问题?在数据分析时,应该处理这些基因呢?需要删除其中的基因吗?

文章 Python 学习(一)

...lse复数型:e=1+1j 2、查看类型 令a=1dir(a) 3、查看数据类型 4、a+=1等于a=a+1 a-=1等于a=a-a5、列表li=[1,2,3,4,5]litype(li) 6、元组 tu=(1,2,3)或tu=1,2,3

问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大,请问老师有没有什么好的方法能打开?以及找到的如下代码如何使用?谢谢

...dLines(c,n = eachfile_lines_num))    #分别把从filename中读出来的数据存放在变量中      write.table(get(varnames[i]),paste(varnames[i],".txt",sep = ""))   #分别把存放在变量中的数据写出到文件中          if (length(get(varnames[i])) < eachfile_lines_n...

文章 Nature:2019年度最佳科学图片top10,总有一张震撼到你!

...于烈酒啊! 除了以上11张图片之外,Nature杂志的编辑们还筛选了几张非常特别的照片,一起来看看—— 沉睡的海豹: 蜂蜜猎人:中国南方的傈僳族人冒着生命危险从蜜蜂的蜂箱里采集珍贵的蜂蜜↓ 受伤的猿猴:来自于一...

文章 如何高效的管理技术开发团队

...管理: 活动统计报表,项目报表的导入和导出功能,信息筛选,预警和邮件提示 8. 共享管理:团队新闻,Wiki和论坛等功能   CORNERSTONE项目管理工具,刚好就具备了这些功能!     那么在使用CORNERSTONE项目管理过程中,TA是如...

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...因组关联分析》、《BSA性状关联分析》、《基因组重测序数据分析实操》、《群体研究合辑》,课程中方法均提炼自高分期刊已发表权威文献,提供全部分析代码及示例数据。习得之后即可对自己的群体测序数据进行分析,分析...

文章 时隔4年,四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉!

...14.日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做...

问题 k-means

老师,用R语言如何对转录组差异基因进行k-means聚类分析,出那种折线图。我在网上百度到的Tcseq包等都是时序的,我的数据是分样本不涉及时序,不知道该怎么做k-means分析的折线图,求助。

问题 群体遗传课程admixture的问题

用课程测试的数据运行admixture的时候,显示segmentation fault. 因为docker镜像omicsclass/reseq里面没有找到admixture,所以用conda install另外安装了admixture。我用docker其他镜像的admixture,也是不行,还是显示segmentation fault。

问题 GWAS假阴性过高,请问怎么解决

用tassel MLM模型绘制QQ图发现分析的结果假阴性,绘制曼哈顿图发现,没有点能够超过阈值,请问如何调整数据或前期分析的参数?

文章 NCBI检索叶绿体基因并快速下载

...一个快速检索并下载基因序列的方法。 打开NCBI后,选择数据库并输入搜索条件,这里通常搜索的是和分析物种相近的物种,如隶属于同一个科或者属的物种,有时候还需要加上外类群物种。回车,就会检索出我们所需的基因。...

文章 高分文章1

...020.02 简介:利用来自38种肿瘤类型的2,658个肿瘤全基因组数据,通过使用计算云进行国际数据共享以促进PCAWG基因组资源的生成,进一步评估了癌症基因组的一系列特征。 DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6 02 2,658例癌症全...