老师您好！我目前在OTU分节，使用pick_de_novo_otus方法，遇到如下问题，无法生成biom表格，用的是测试数据，内存都符合要求，麻烦老师解惑，谢谢
我在看差异表达基因数据表时发现一个问题，两个基因在a组为0，在b组分别为30和209，但差异倍数的log2的值却分别为8.577和3.790？请问这是怎么回事？
...件的子命令makedb将FASTA格式的蛋白序列创建成后缀为dmnd的数据库文件时，遇到如下报错： 报错原因是蛋白序列中出现了特殊字符，如下图所示： 需要检查蛋白序列文件，去掉不符合要求的序列。再次建库则不会报错。 ...
请问这个聚类树高度为什么这么高？我看其他人的数据一般只有零点几。
分析的文件样本数很少（个位数）。样本数多的文件，分析就不会报错。所以这个应该怎么改呢（我前一段时间做都不会报错，难道是数据需要更新？）
首先是准备材料： 1.R包 2.绘图数据 install.packages('pheatmap')#安装R包 library(pheatmap)#加载R包 画图 画个基础图形 Rscript heatmap.r -i fpkm.txt -s -n heatmap绘制图形，并保存文件。 画的图拍你可以根据自己的喜好进行调整，包括横, ...
群体遗传课程57课PSMC那里，我看视频是一个.bam文件就能做一次分析，出一张图了。那我的数据有200多个样本400个bam文件怎么办呢？？需要合并吗？怎么合并啊？ 下面这个是例子代码：
...gene+family 2021年基因家族分析文章可以发几分文章 小编筛选了一下2021年基因家族分析文章，有364篇。搜索首页文章的影响因子如下图，从1分到6分都有。如果继续向后查找，小编认为肯定还有更高分数的文章，这说明基因家族...
TCGA 数据库中的基因编号采用的Esembl 的编号，但是有些分析软件，需要输入的基因编号是 gene symbol ，这就需要将Esemble 的ID 转换成gene symbol 。 今天介绍采用clusterProfiler 进行转换： # 加载相关软件包 > library(clusterProfiler) > ...
为什么我从数据库下载的相关基因的氨基酸序列，格式也是fasta,进行非模式作物注释时，提交上去总是会出现这样的错误
如果我做水稻重测序的话，table_annovar.pl注释的时候，-protocol refGene，这个我需要自己下水稻的基因组数据库吗？还是有官方的？如果需要自己下载的话，是下载参考基因组的吗？
宏基因组binning后的mags，也可以用kegg注释出功能是嘛？是拿到mags的碱基序列，直接扔进官网去注释吗，还是也要基因预测，然后蛋白质序列再扔进官网去注释？或者用本地数据库？这方面的课程会有教学吗？
在mfuzz分析完后，通过ClusterGVis可视化，但是出现了图片中的报错，开始以为是自己数据格式有问题，我替换了课程资料提供的示例文件，也出现同样的报错内容，请问怎么解决？
...命令行参数input_file <- args[1]output_prefix <- args[2]# 读取数据文件, 不转换列名venn_dat <- read.delim(input_file, check.names = FALSE)# 从文件中创建一个列表venn_list <- list(venn_dat[, 1], venn_dat[, 2], venn_dat[, 3], venn_dat[, 4], venn_dat[, 5], venn_dat[, ...
...变积累系（MA）的基因组变异，并基于野莲资源的重测序数据重建了野莲群体历史，探讨了野莲迁徙的历史路径及亚洲野莲的受选择分析。 本文的研究数据来自于两种材料，一个是课题组种植的突变积累系，同一个L0分芽后无性...