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文章 基因结构图修改ID

...释功能帮助批量修改ID 1、通过other进入绘图界面(版本的方式可能一样) 2、导入gff或者gtf文件,并导入注释文件 若进行ID修改,可以将注释文件设置成两列的文本文件(TAB分隔),第一列原始ID,第二列新ID,(无需文件...

问题 TCGA的转录组数据如何进行差异分析

从TCGA上下了转录组的数据,请问如何进行差异表达分析

文章 Git基本命令

Git基本命令 当创建好了一个版本库之后,我们就可以在版本库中进行版本控制了。所以我们需要了解一下Git的一些基本命令。 git add # 将工作区的修改提交到暂存区 git commit # 将暂存区的修改提交到当前分支 git status # 查看当前...

文章 AI写代码之批量设计引物

...设计引物通常会使用ncbi或者是primer3工具,而这些工具的在线版本都只能一个一个序列去设计,比较耗费时间,最好是使用本地版。在这里我让AI告诉我怎么做,只要阐述清楚自己的需求,AI就是很好的工具! 在这里我的需求是...

问题 为什么win10安装mapman,显示无法安装,版本

已安装java10,并设置环境变量,点击mapman的exe程序,显示该程序版本适合windows系统,请与开发者联系。

文章 转录组测序分析数据库介绍

...(http://pfam.xfam.org/)是一个大型的蛋白家族数据库,最新版本的Pfam数据库(2018年9月更新32.0版本)包含了17929个蛋白质家族注释及基于隐马尔科夫模型(Hidden Markov models,HMMs)的多序列比对信息。 Pfam可以为我们提供精确的蛋白...

文章 lncRNA与基因相互作用的研究思路

...者聚类比较接近,可能存在相互作用关系。 5. 基于序列匹配的互作关系 基于基因和lncRNA存在碱基序列的互补配对,可以预测两者间是否存在相互作用 6. lncRNA和蛋白的互作关系 基于lncRNA和蛋白在空间结构上的匹配,可能存在...

问题 老师,我是下的最新版本的biolinux,但是在做同物种之间的共线性分析比对时,最后出结果出图的时候出现这个了,请问怎么解决啊?

输入的命令为:/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH rapa --cscore=0.7。

问题 NCBI上下的CDS序列的ID和GFF文件的ID对上,导致CDS提取失败怎么办

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

部分分析数据及结果.zip我在ensembl上下了一个基因组,该基因组是用gtf格式进行注释的,用perl脚本无法建立基因与mRNA的对应关系(mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid),分析结果能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换...

文章 Perl脚本报错解析:annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

..._>"; 经过排查,发现问题出在正则表达式与数据格式匹配上: 正则表达式:^[\w\-\.\@\/]+?:([\w\.]+?):exon\d+:c.([\w\->]+)(:p.([\w\*]+))? 第一部分:基因名字:^[\w\-\.\@\/]+?: 匹配范围:字母、数字、下划线、连字符、点、@符号、斜...

问题 python版本的MCScan出错,在画共线性图时

出错的地方。 bed1 bed2 layout文件 seqids文件 知道哪有问题

文章 win10 安装最新的基于WSL2的docker

... 若要更新到 WSL 2,需要运行 Windows 10。 对于 x64 系统:版本 1903 或更高版本,采用 内部版本 18362 或更高版本。对于 ARM64 系统:版本 2004 或更高版本,采用 内部版本 19041 或更高版本。低于 18362 的版本支持 WSL 2。 使用 W...

文章 R语言基础入门—判断语句

...ase 位置值,如果整数在位置的范围内则返回 NULL。如果匹配到多个值则返回第一个。expression如果是字符串,则对应的是 case 中的变量名对应的值,没有匹配则没有返回值。switch 没有默认参数可用。 以下实例返回第三个值: ...

文章 顺式作用元件分布图绘制

...用元件进行展示。 今天给大家介绍一款非常简单实用的在线软件GSDS:访问地址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn;GSDS全拼是:Gene Structure Display Server ,是一款很好用的基因结构绘图软件,今天只给大家介绍下如何用GSDS进行顺式作用元件...