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文章 如何快速获取多条序列长度信息

...amtools。命令行格式:samtools faidx   xulie.fa(你的序列文件)结果会生成一个 xulie.fa.fai文件,也是就是在你的序列文件名后面多了一个fai,文件合适如下: 211000022280750 9865 142631474 60 61211000022280526 9368 142641578 60 61211000022279869 9...

问题 做真菌有参转录组测序,mapping值很低。

mapping值最高30最低25,并且物种分布结果中也有其他物种,有几种水平较高,但与样本均为一个属。那出现这样的情况是什么原因呢?之前这株菌在两三年前也已经做过鉴定了,所给的参考序列就是这个物种的,之前在板上的表...

问题 每次拿基因id去gff3文件里做比对找信息(perl),输出空白

可以搜索出来但是仍然是空白文件

问题 基因家族分析——有几个保守结构域,对应的有几个pfm号

在做基因家族分析时,感兴趣的蛋白含有2个以上保守结构域,对应的有多个pfm号。请问这种情况怎么处理?是分别用不同的pfm号去搜索蛋白然后再合并在一起进行分析吗?

文章 fastq文件查看指定序列

...题。但是,fastq文件通常是很大的,使用less命令可能很难搜索到,这时候我们可以用到下面的命令来查看。 zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可...

问题 做基因在染色体定位时,出现了问题

...bly_genomic.fna|awk '{print $1,$NF}' >genome.len这条命令时,发现结果文件(如下图)里没有对应的染色体编号,请问应该怎么修改呢,这是输入的基因组序列文件

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...就是:选择什么数据库进行比对才能得到较好的分类鉴定结果呢?其实针对每一类生物的主要marker序列都有相应的数据库以方便比对鉴定。今天卢瑟菌就和大家简单聊一下微生物生态研究中那些个常用的marker基因序列数据库。 ...

问题 MENA网站上传数据提示错误

...ror. 我用网站提供的示例数据也试了,也换了360浏览器,结果还是一直提示这个错误。请问老师这是为什么呀

问题 非模式物种建立注释库问题

...d 已经检查输入文件均可以打开没有问题,无法进行注释结果的整理。

文章 家蚕7篇基因家族文章下载

...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ;  4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就...

问题 python统计fasta格式的序列文件信息,包括长度,碱基数量等

我用python统计一个fasta文件中的序列基本信息,运行完后没有任何反应,在相应目录下也找不到任何文件,请问这个是哪里出错了还是怎么回事,运行后没有提示任何报错信息,没有任何结果

问题 生成gene_exon_info.gff文件后不能得到基因结构图

gff文件如下: 按照命令获得的gene_exon_info.gff如下: 结果不能得到基因的结构, 请问是哪步出错了?

问题 转录组与转录组之间所有序列进行两两比对

...只需要转录组1中所有序列与转录组2对比序列相似性最优结果,比如1中有1000条序列,对应到2中相似性最优的序列也有1000条。这样可以实现吗,如果可以,我们可以详细聊一聊。

文章 R语言-相关性矩阵分析

...870147552217-1.43072567351625       1.06781330535694 cor计算相关性结果

问题 blast建库,DNA序列,all vs all 比对后输出文件0kb

老师您好,我在做blast方法查找复制基因的时候,建完库后BLAST得到的结果是空的,请问会是什么原因呢,非常感谢老师!!!