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问题 reads 与基因组进行比对map 是程序正常运行,但sam文件为空,求老师赐教

基因组构建HISAT index的信息如 将reads 与基因组进行比对map的命令如下 比对结果如下图所示

问题 下面R语言while循环中为甚输出的不是最后一个值?

...93 196418 317811 514229 832040 question:为什么输出的是上面的结果,而不是最后一个值832040?

问题 绘制转录本结构图通过gffread提取gtf文件transcript_id后名字错误,请老师指教

程序正常运行 这是最后的结果 GFF源文件 请老师指教,谢谢!

文章 pfam数据库被合并之后,还有很多数据库可以进行结构域的查询

...进行选择要查询的内容,查询结构域;超家族等信息查看结果

文章 保姆式教程!手把手教你使用Simplot,绘制高大上的序列相似性图片

... of Separator to  groups,可将1改为2或3或4,5.......这个是为了显示名称的前几位, 更改名称和线条颜色: 下图一些参数设置,依次是上下图例,参数等,show X、show Y网格线 图片刻度线的最大值,最小值 保存导出图片,导...

文章 微生物群落功能注释-FAPROTAX数据库介绍及使用

...2. 启动docker及下载扩增子镜像: docker search omicsclass  #搜索omicsclass提供的docker镜像docker pull omicsclass/ampliseq-q1  #下载扩增子镜像docker images  #检查是否下载完成 3. 在D盘下建立FAPROTAX文件夹,把准备好的三个文件放进去。 4...

问题 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

...出入(起初只是发现蛋白质序列过长,就用基因组ID在NCBI搜索了一下),请问此时应该以哪个数据为主?

问题 你好老师,在基因家族比较时候,准备bed文件和CDS文件问题

... ID文件,可是在使用时出现这个报错。 然后去GFF 文件里搜索 可能是这没gene原因,这个也没什么用,该怎么避免这个报错,或者跳过呢 谢谢老师啦!

文章 Samtools截取基因组序列(Docker篇)

...这里便不多介绍了。 下载镜像并运行 安装好Docker后,搜索我们omicsclass提供的docker镜像,其中便有安装好samtools软件的镜像。 $ docker search omicsclassNAME                           DESCRIPTION                 ...

问题 基因家族分析 基因家族基因在不同物种之间的进化同源关系

...TAO和FN的基因在bed文件里找不到,,但是我在bed文件手动搜索报错的第一对:evm.model.chr0.498 evm.model.chr0.533 ONI03914 ONI03980是可以搜到的,,,请教老师,这个怎么改才能出图啊,以下是我TAO和FN文件的截图:

问题 mcscanx分析 family_circle_plotter 绘图时生成的图片残缺

..._collinearity_within_gene_failies.pl分析连线时,生成的文件里有结果

文章 ANNOVAR人类各个数据库变异注释结果表格说明

 ANNOVAR注释结果中各列的表头说明: ID 详解 Chr 染色体 Start 变异位点在染色体上的起始位置 End 变异位点在染色体上的结束位置 Ref 参考基因组碱基型 Alt 变异碱基型 Func.refGene 对变异位点所在的区域进行注释(e...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌(HNSCC)(GSE181919)

...细胞的新克隆,肿瘤组织中这些细胞的丰度与较差的预后结果相关。此外,我们证明白斑和肿瘤组织中的成纤维细胞表达 COL1A1,它与 CD44+ 恶性细胞相互作用,促进 HNSCC 进展。 CD4+FOXP3+调节性T细胞在白斑中扩增并在胶原刺激下表...

文章 deepseek绘图之--微生物堆叠柱状图

...点,这样能够减少我们后面修改的次数更容易得到想要的结果,首先确认自己的路径和绘图需要的文件,需要3个文件,做相关分析的同学肯定不陌生分别是 一般做微生物相关分析都需要这三个文件,有的地方分类信息和丰度表会组...

问题 请问转录组测序得到的同一基因序列在不同数据库得到的注释为什么不一样?

我做转录组测序,结果中有2个基因序列,它们在NR库中得到了相同的注释(gb编码相同),在Swissprot中得到的注释却不同。能解释一下数据库比对的原理吗?为什么会出现这种现象?