找到约 15 条结果

问题 我的差异基因是mstrg 开头的，然后做分析的时候这些基因转换不上去

在david里的差异基因很多都是mstrg开头的，在Step 2: Select Identifier的时候不知道选择什么

问题 运行MCScanX后，0 match 0discord

...题，在gff和blast文件中ID都有不同转录本，即ID后都有.1、.2，两个文件这里也没有差别，ID也不存在空格之类的希望哪位老师有空可以解答一下

问题 基因家族分析——有几个保守结构域，对应的有几个pfm号

在做基因家族分析时，感兴趣的蛋白含有2个以上保守结构域，对应的有多个pfm号。请问这种情况怎么处理？是分别用不同的pfm号去搜索蛋白然后再合并在一起进行分析吗？

文章 R批量读取文件

...得每个文件内的内容，例如第一个文件： > ABC[[1]] V1 V21 A 1> 把文件的名字（前缀）赋给每个读取到的数据 > for (i in 1:length(ABC)){+ assign(make.names(gsub(".txt","",tem[i])),data.frame(ABC[[i]]))+ }> A V1 V21 A 1> B V1 V21 B 2> C V1 V21...

文章 GEO和TCGA数据挖掘生物信息文章解读（宫颈癌）

...章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，2019年发表在Journal of Cellular Physiology 影响因子：4.52左右。 1.芯片数据差异基因及注释分析结果 作者在GEO数据库中找到宫颈癌相关的基因芯片数据：GSE63514，其中，包含28...

问题 基因家族结构域及基因家族长度问题

...鉴定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有2个比如说A,B，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B;或者含A;或者B就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，C这种情况应该怎么...

问题 蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大，有没有一个标准？

经常看蛋白质组学相关的文献发现里面选择的差异倍数经常有1.2倍，1.3倍，1.5倍，2倍的，这有没有一个统一的标准，有相关文献吗？

问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2

文章 流式细胞术一定要设置对照组吗?对照原则了解下

...设置空白对照用以区分细胞的自发荧光和特异性荧光。 2. 同型对照 在流式细胞术中，染色的背景水平是一个重要的影响因素，特别是在为罕见的低表达或者连续表达的细胞建立多色模板时，需要设置同型对照，同种型对照的...

问题 关于mapman使用过程的一些问题

...合成途径等，但是在mapman软件中的pathway中没有该如何？ 2、在添加自己的数据时，所有样本差异基因表达量作为一个文件上传，还是每个样本差异基因表达量单独上传？如果添加的是比较组，是比较组所有基因id？还是比较组注...

问题 我用docker omicsclass/rnaseq 下载ncbi上转录组数据总是出现下面的问题

 fastq-dump.2.10.3 err: timeout exhausted while waiting condition within process system module - failed SRR8428909

问题 cellchat的netVisual_bubble

...展示在bubbleplot的数据不是原始的prob的值吗？我输入（1，2，3，4），输入四个dataset的话，也是能跑的，展示的数据，看似也是合理的。感觉就是四组各自原始的数据放在一起展示而已。不知道是不是这样

文章 单细胞转录组镜像代码更新4.0

...快rds文件存储速度，全面换成qs文件存储，提速10倍以上 2.分群聚类更新多线程，提速5倍以上 （需要大内存服务器） 3.解决 SCT标准化 后续bug 4.findermarker 解决只有positve 5.增加GSEA富集分析 6.肿瘤infercnv分析升级，增加肿瘤细胞...

问题 保守结构域

...间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是外群种序列），目前想找整个研究物种的保守区。我的数据集是转录组数据，首先结合busco和orthofinder找出了单拷贝直系同源基因，建树结果与ITS结果不同，然后我又...

问题 老师您好，想向您请教关于GWAS分析时的问题

...好了，最后到用emmax进行关联分析的时候.ps文件显示只有23条染色体（其实有26条+2条性染色体），但是.e文件也没有报错.o文件也显示成功完成，前边map文件也显示28个染色体，不知道那里出了问题，请老师指教，谢谢！