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问题 请教:基因与mRNA的对应关系分析不正确

...基因与mRNA的对应关系,命令同w.sh文件里的命令,得到的结果如下,出现这种情况怎么办?

文章 perl 多线程

...一个简单的实例。从KEGG数据库(http://www.genome.jp/kegg/)上搜索同源序列。所需文件:seqname.txt(用于存放需要搜索的序列KEGG名称);源码: use strict;use warnings;use threads;use SOAP::Lite;use Cwd;my $path=getcwd;my $wsdl = 'http://soap.genome.jp/K...

文章 转录组分析时,影响差异基因数量的因素有哪些?

...样品间的相似性就越高,组内的差异小于组间,差异分析结果就会更准确。

问题 不同胁迫处理以及不同类型的RNAseq数据denovo组装

...于不同批次测序类型也不一样,有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理,比如说高温低温干旱处理还有对照 这些样品我在做组装的时候用哪一个好?数据类型不一样能放在一起组装么? 用什么软件会更好一点...

问题 如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢?(有些cds中的scaffold可能不足1500)

...); (上面是脚本的代码) 我用该代码运行我的数据是会显示 请问我应该怎么修改脚本去完成上游序列的提取呢?

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...功效和FDR值;b、模拟causative SNP(红色方块)并不是检测结果最显著的。[31] 那么如何提高稀有变异或微效基因的检测功效呢?解决的方法包括提高样本数、只针对目标区域进行基因分析和研究、提高遗传多样性、降低遗传背...

问题 老师,您好,请问一下Urate oxidase的pfam号是什么呢?我感觉我找的不对

请问是这个红框吗? 我用谷歌学术搜索也没找到相应的pfam号。拜托您啦  感谢老师

问题 所有基因都只含一个相同的结构域,没有其他结构域了

从pfam找到基因家族的HMM模型,搜索物种的蛋白质数据库,得到了10个该基因家族的基因, 但是拿到ncbi和pfam去做蛋白质结构域检测,发现,这10个基因的结构域除了都只含有同一个结构域,没有包含其他的结构域了,这正常吗?...

问题 在进行全基因评估后,出图不正确,同时在进行hifiasm三代组装的时候总是出现问题

图1是基因组评估问题,图2是进行hifiasm三代组装出现的问题,, k的取值对评估结果影响大吗,比如k取17或者19

文章 KEGG富集分析弦图绘制

...果如下 注:标题node可通过layers区进行修改删除 四、结果图导出,可保存为不同格式。 svg格式可通过AI进行细节修改,比如为连线添加边框线。 最终结果图如下 ************************************************************************** ...

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据,警惕有多次随访数据

...记录,做分析前,一定要做好数据的筛选工作。不然分析结果可能会存在问题。  如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网...

问题 有关于GSEA富集分析参数设置

...和后期的实验验证是否有关系,什么样的参数设置得到的结果后期实验验证才更容易?

文章 堂堂院士也抄袭?《Science》发文:学术抄袭哪国强?

...由arXiv在线数据库上数十万论文数据分析得出的, 数据显示:德国、美国、日本等国论文抄袭率较低, 抄袭率最高的是——伊朗、保加利亚等国。 仔细分析一下,结论其实很明显: 1,发达国家提交的论文数量多,抄袭率相...

问题 LD衰减分析

...问题是:请问老师LD衰减分析中bin.gz文件是怎么生成的?结果文件中好像只有stat.gz文件。

文章 CLUMPAK安装

...赋予一下软件clumpp的权限,然后就可以正常使用了 这个的结果非常规整