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问题 请教!基因结构分析出现这样的问题如何解决?

... ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff”跑不出结果,之后手动筛选出来,却没有exon等,用GSDS也没有结构,请问这个是不是无法分析?谢谢!

问题 你好请问你解决paircoil2的安装问题了么

(base) [@host132 NBS-LRR]$ ~/paircoil2 -win 28 zc102_NBS_FullSeq.fas Usage: paircoil2 [-win 21|28] <fasta_file> <output_file> 不出结果不报错,不知道哪里有问题

问题 蛋白三维结构预测遇到问题:当在swiss-model中选择使用模板的方法时,在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...在swiss-model中,使用自己模板的方法进行三维结构预测,结果在上传文件的时候遇到以上的问题,请问怎么解决。 Chains A, B of the uploaded template do not start with residue no. 1. Will be renumbered.Chain A of the uploaded template contains multiple unordered...

问题 三代数据处理后,哪个是需要用二代数据进行矫正的?

...处理,已经进行了前面的分析,polish也已经完成。得到的结果如下,请问哪个是需要二代数据矫正的呢?是直接将polish.bam文件转换成fasta,进行矫正?或者将LQ进行矫正,然后与HQ进行合并呢?

文章 用R做蛋白互作分析

...ist(fig=function() par(mar=c(2.1, 0.1, 4.1, 2.1)))) # 筛选出一部分结果,进行绘图 hits <- deg_mapped$STRING_id[1000] # 绘图 string_db$plot_network( hits,required_score =700) # 将所有的结果输出到文件,后面采用cytoscape 进行网络分析 info <- string_db$get...

问题 构建系统进化树时利用课程提供的脚本提取不出来cds序列是为何?

运行这个脚本后 没有出来结果  linux出来一个这个信息

文章 三代转录组,当前你不可忽视的研究手段

...转录的多样性 蔗糖合成酶1(SS1)有9个变异体,在本次结果中这9个变异体序列均在5'区有所延伸, 并且在这9个基因的5'区鉴定出了12个ORF,并且ORF数量与5'区长度呈正相关,5'UTR区的多样性在咖啡品质及其抗逆性上可能起到关键...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

...引samtools index align1.sorted.bam#提取比对到参考序列上的比对结果samtools view -bF 4 align1.sorted.bam > mapped1.bam#bam文件转化为fq文件samtools bam2fq mapped1.bam > 1.fastqgzip 1.fastq 2.三代数据比对 minimap2 #建索引minimap2 -d reads.min reads.fa -t 30#比...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ;  4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就...

问题 老师您好,我在用plantcare分析启动子时,提交序列之后报错,具体情况如下图

我看了一下序列里面有出现M、G字母,而其他正常序列出现了几个N字母也可以正常出结果

问题 为何我研究的物种设计snp引物时,输出引物文件的excel是空的

仔细研究了一下课程里面带的拟南芥的示例数据和格式没什么问题,但是运行之后输出的结果为空

文章 世界500强常用的管理方法和工具推荐

...能力,一起涨姿势。 1、二八原则 巴列特定律:“总结果的80%是由总消耗时间中的20%所形成的。”按事情的“重要程度”编排事物优先次序的准则是建立子啊“重要的少数与琐碎的多数”的原理的基础上。 举例说明:80%...

文章 解决Rstudio Server卡顿问题

...io加载缓存可能导致卡顿。 建议每次分析完数据保存好结果后,重启rstudio: 清除 缓存, 避免下次加载缓存数据导致卡顿: 如果卡死,后台解决方法: 1. 在后台putty中删除session文件夹 rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions...

文章 免疫疫微环境(TIME)

...,也不能在细胞类型之间进行比较。但是,使用定量验证显示估计分数与真实细胞分数之间具有高度相关性,从而证明了MCP-counter在样品间比较中的价值。为了证明这些估计的预后价值,MCP-counter已用于量化32个非血液学肿瘤中190...

文章 qiime2 vsearch OTU 以及 ASV流程整理

...-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza # Summarise the reads 查看结果 qiime demux summarize \ --i-data primer-trimmed-demux.qza \ --o-visualization primer-trimmed-demux.qzv \ #双端合并 qiime vsearch join-pairs \ --i-demultiplexed-seqs primer-trimmed-demux.qza \ --p-thread...