文章 如何将基因组的注释文件gff转化成基因的注释文件gtf

在做分析的时候，有时候我们需要将gff文件转化为gtf，如何转化呢？ 这里有一个小工具，虚拟机的bio-linux自带不需要安装，就是gffread： 命令行格式：gffread   gff文件   -T  -o  gtf文件，这里比较容易出错的就是大写T，小写o...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

官方中心对照表：https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/center-codes Code Center Name Center Type Display Name Short Name 中文 1 broad.mit.edu CGCC Broad Institute of MIT and Harvard BI 麻省理工学院和哈佛大学博劳德研究所 ...

问题 老师你好，我看了你多芯片illmina 标准化的视频，用你的代码发现处理不了GSE29248的数据，我发现这个矩阵的列和你视频教的不一样，不知道这种数据如何处理？？？

输入lumiR.batch后，提示错误？

问题 提取不出来结构域序列

第一次hmm搜索时可以搜索出序列，但是接下来一步提取结构域序列时出来的文件是空的

问题 circos中热图部分画不出来

问题 热图名字显示不全怎么办

问题 vmware 虚拟机网络连接不上 桥接

问题 老师，这一步怎么都不通过。

问题 同学，你这个问题解决了吗

...a -out ST_AT.blast -evalue 1e-10 -num_threads 16 -outfmt 6 -num_alignments 5 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks...

问题 病毒感染动物后进行皮肤组织二代测序，抽提质检发现28S/18S以及RIN都不合格，是什么原因？

...织二代测序，抽提质检提示所有病毒感染过的皮肤组织都不合格，28S/18S以及RIN都不合格，不知道是自己取样的时候出现问题，还是由于病毒感染导致的组织rna断裂或者产生vsRNA片段过小无法检测得到？

文章 echo输出不换行

...件中都会换行。 可以用echo命令的-n选项，作用是输出是不追加换行。 #!/bin/bash/for i in `cat sample.txt`do        echo -n "cat ">> run.sh        for j in `cat primerid.txt`        do                echo -n " $i/${i}_$j.fa">> run.sh      ...

问题 circos标签显示不全

我想做圈图，由于在一个位置上有12个基因，直接用标签没办法显示，想问问老师，这个图中的红色标注的折线是怎么实现的呢？

问题 重新挂载显示不出文件

老师， 您好！长期没用linux系统，再用的时候，重新挂载上后却一直显示没有文件，这是怎么回事呢？

文章 OMIM 人类孟德尔疾病信息数据库疾病表型说明

...；2-----（200000）常染色体基因位点或表型（创建于1994年5月15日前）3-----（300000）X染色体关联的基因位点或表型4-----（400000）Y染色体关联的基因位点或表型5-----（500000）线粒体基因座或表型6-----（600000）常染色体基因位点或表型...

问题 Conet样本量只有五个

...况呢？需要再多加两个样本，新加样本中的值等于（前面5个样本和/5）吗？这样可以吗？想采取平均值法多弄两个样本出来，请问这样可以吗？会对结果有什么样的影响呢？