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问题 老师您好,利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行,和老师讲的格式完全一样,如下图,我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗?知道该怎么解决了,请求老师指点一下

我得到的PTR2_remove_redundant_IDlist.txt如下我的gff文件如下 执行命令所用的PTR2_domain_new_out_selected文件 执行命令所用的mRNA2geneID文件

问题 老师,我这里有一个物种的3条基因,序列的相似度都在60%以上,smart预测都是有相同的结构域,他们是属于同的序列,还是发生了基因复制?如何进行判断,知道从哪里入手。

问题 扩增子分析 :qiime2分析-多样性分析alpha-beta-差异比较等 课程中的问题

#添加分类信息时报错 这是用qiime2分析完数据后,再利用qiime分析时候报错 #自己用服务器进入的ampliseq-q1:v1.2使用的命令:docker run --rm -v /disk1/liuh/qiime2:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 请老师帮忙解答一下,谢谢。

文章 生物导航——专为生命科学工作者定制的浏览器首页!

...症测序、小RNA、蛋白组研究相关数据库; 生信·工具:在线绘制venn图,热图、进化树、PCA图,转录因子、小RNA靶基因、蛋白3D结构的预测,代谢通路、基因功能的注释等; 生信·高级:R语言基础、绘图,Python、linux学习网站...

文章 微生物PCA分析和PCOA分析差别

定义: 主成分分析PCA(Principalcomponent analysis)是一种研究数据相似性或差异性的可视化方法,采取降维的思想,PCA 可以找到距离矩阵中最主要的坐标,把复杂的数据用一系列的特征值和特征向量进行排序后,选择主要的前几...

问题 手动分析跟MCSanx分析出来串联重复基因一样吗

我自己手动分析没有找到串联重复基因,但是MCSanx组内分析时看他的tandem文件发现有串联重复基因,我应该信哪一个呢

问题 群体分析的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

群体分析的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

介绍一款Pacbio 三代数据分析的软件 PRAPI, 该软件相关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多,而且能结合二代和三代的数据一起分析...

问题 基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

在基因家族分析中的顺势作用元件分析中,发现有正链也有负链的被发现,是只算正链的还是只算负链的元件数呢?还是都要计算?

文章 华西博士3年发46篇SCI论文,论文高产的秘诀你知道吗?

...这46篇文章中, Original research 16篇,其它Comments 9篇,Meta分析10篇,另有letter to the editor若干。 平均下来,每篇大概是2~3分的影响因子, 总体来看,邓博士基本上走的是低分高产的路线, 但是,能发表这么多真的也是容易呀...

话题 共线性分析,基因加倍与串联重复分析

问题 老师,mcscan_seqid里面的逗号改了也还是float divirision by zero 报错。两个bed文件和CDS文件里的染色体ID都对应的。实在找出来原因!

问题 老师好,我的gene ID和mRNA ID 只有前面一样,但是为了保证mRNA ID与pep和cds中的一样。删除mRNA:后就与gene ID 一致了。这影响后期的操作吗?

文章 DevOps 从理论到实践指南

...下六个领域: 内建质量体系 通过持续代码评审,静态分析,自动化测试,自动部署验证等手段构成一套有效的质量保障体系。 主要实践包括: TDD:测试驱动开发的思想,保证代码质量和偏离业务需求的技术实现结对编...

问题 使用R语言无法从TCGA数据库下数据

老师好,我使用R语言从GDC里面下数据发现下出来,知道怎么回事?如图所示,还有就是VIP群怎么一直通过我的申请呀