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问题 已经windows系统里下了docker 也打开了,但还是运行了. doc.sh

问题 在JGI上下gff文件和fa.gz文件有问题,感谢答疑

我下的这两个文件对吗,如果是的话,我这条命令为啥有错误啊 感谢答疑

文章 Docker Hub结合Github自动化构建多版本镜像

...默认的构建中,每推送一次代码,构建的都是全新的latest版本的构建。方便对镜像的版本控制。 最好的方式是:基于push的提交构建出latest版本镜像,基于tag的提交构建出指定版本的镜像。 首先在Docker Hub中设置这两种构建方...

问题 老师,python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性时查文献没有对照物种别人鉴定的基因,要自己先去鉴定吗

问题 老师你们好,想问一下如何在自己服务器上下docker

现在一直在跟随组学大讲堂学习家族文章和BSA,但是都需要docker,看docker安装的课程,也没看到在服务器上具体安装,例如BSA中,mutplot这是一个软件吗?还是脚本?

文章 微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

...orial (打开链接可以点这里),列举了多种常用互作关系分析的方法(如下图)。 点击对应的分析方法,就可以看到比较细致的分析步骤了,当然,也可下到相关的文献资料。针对截面数据或者时间序列数据,以及数据处...

问题 没有使用biolinux虚拟机,可以自己在电脑上下meme-4.12软件进行下一步嘛?

文章 蛋白3D结构预测 3D Protein Structure Prediction

...型构建(模建)的步骤: ① 目标蛋白序列与目标序列的匹配:应用 FASTA 或 BLAST 搜索软件,在 PIR 、 SWISSPROT 或 GENEBANK 等序列库中按序列同源性挑选出一些同源性比较高的序列,然后把挑选出的序列与目标序列基序多重匹配,...

文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...息。今天,小编教大家如何获取这些信息。 ExPASy ProtParam在线获取 ExPASy ProtParam 是一款在线蛋白质分析软件,它可以计算一个蛋白质序列的各种理化参数,例如氨基酸序列长度、等电点、分子量等等。其用法如下: 输入一条...

文章 MENA如何结合OTU共现性网络与环境因子

MENA可以在线分析OTU互作网络(共现性网络) 可参考:https://www.omicsclass.com/article/68 或 微生物OTU网络图绘制(Cytoscape) MENA在完成构建网络(Construct the network)之后,可以对网络进行分析(Analyze the networks),其中一项是结合性状...

问题 因为现在安装的blast+的版本太高,所以里面没有blastall这个,那基因家族分析中共线性分析的下面这个用到的命令,怎么修改成blastp或者blastn的脚本方式

blastall -i AT_pep.fa -d AT_pep.fa -e 1e-10  -p blastp  -b 5 -v 5 -m 8 -o mcscan/AT.blast 这个命令怎么改成blsatp或者blastn等的命令,这个是比较蛋白吧,应该用的是blastp?如果用blastp的时候,这个命令怎么修改?

文章 远程服务器登录putty(云服务器,实验室服务器等)

...putty登录,官方网站:: https://www.putty.org/    下windows版本地址:https://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/latest.html: 对应自己的操作系统版本即可,上下两个红框框任选其一: 3.登录服务器: 当你有一台服务器的时...

问题 做基因家族成员鉴定时,如何从NCBI数据库里下转录组unigene的蛋白质序列文件?

文章 perl语言标量SCALAR

...print "this is $var"  #内插 ; -> '' this is str" perl遵循最长匹配,当$var 和 $varing 都存在时,print "varing" ,匹配$varing  匹配$var 想匹配$var需要这样:${var}ing          sh中$(ls)   2.转义字符  \t 表示tab空白 \n 表示换行符   3....

问题 老师您好,请问我的notepad++的显示粘贴上去怎么和您的那么一样啊?请问您的是哪个版本的?或者说我的操作可能出了什么问题啊?请您回答一下,谢谢老师。还有就是我这个操作过后一直显示没有这个文件