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问题 如何用荧光定量验证转录组结果

 问大家一个比较小白的问题,用荧光定量2-△△CT法验证转录组log2FoldChange值,合格的标准必须是倍数一样吗,还是大小趋势相同就可以 我验证了六个差异基因,请大神帮我解答一下,谢谢

文章 R语言基础入门—循环

...数变量: 实例 repeat { v <- c("Google","Runoob")cnt <- 2repeat {   print(v)   cnt <- cnt+1   if(cnt > 5) {      break   }} 执行以上代码,输入结果为: [1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "Runoob"[1] "Google" "...

文章 8.28接收-毛竹bHLH基因家族分析文章解读及原文献下载

...感受下此类文章的行文思路。 值得注意的是该篇文章是2018年7月9日投稿,但8月28日就修订接收了,效率真是杠杠滴! 文章内容: 作者关注的是毛竹中basic helix-loop-helix (bHLH)基因家族,这是一类转录因子(其实很多基因家族...

文章 singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

...ngularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,指定一下线程,可以在自己服务器允许的情况下,多指定几个线程。

问题 基因家族成员命名问题

...小到大排序与染色体从小到大不一致,比如基因ID 为1,2,3,4,5,他们分别分布的的染色体为chr5,chr2,chr4,chr3,chr1,这样的话我是按照基因在染色体的位置顺序命名,还是按照基因ID 的大小命名~

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,也就是说只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。 ...

文章 把正在运行的任务提交后台

...行的任务提交到后台运行: 1.首先把任务暂停 ctrl+z 2.然后bg指令挂起 这时如果直接退出终端任务依然会停掉,所以 3.使用disown命令将任务从终端的管理中解除: disown %1#%1是指解除第一个任务的管理,想要直接释放所有任...

文章 ssgsea_enrich_diff.r GSVA富集分析

... EXPR -m META [-n GROUP_NAME] [--log2] [-t method] [-k kcdf] [--group1 GROUP1] [--group2 GROUP2] [-p PVALUECUTOFF] [--no_diff] [-o OUTDIR] [-f P...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(直肠癌)

...术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据(主要包括芯片表达数据,也包含一些高通量测序表达数据)。这里含有海量的公开的免费的数据,我们可以利用这些...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库!

...转录的,只能说启动子一般位于转录起始位点的上游。 2. 转录组起始点(TSS):是指与新生RNA链第一个核苷酸相对应的DNA链上的碱基,通常为一个嘌呤(A 或G),即5’UTR的上游第一个碱基;注意转录起始点和起始密码子的区别...

问题 基因家族成员命名和定位

...)只有Protein ID,请问:(1)Gene name是怎么命名的呢?(2)文章中Locus ID 指的是我的结果中的gene ID 吗?(3)Scaffold的位置信息应该怎么查找呢?另外,请问老师这些表格中的信息是一个个粘贴过来的吗?

文章 HMMER ——hmmsearch 用法,参数

... of parallel CPU workers to use for multithreads用于多线程的并行CPU工作程序的数量

文章 Perl去除一个数组中的重复元素

my @array = ( 'a', 'b', 'c', 'a', 'd', 1, 2, 5, 1, 5 );  my %saw;  @saw{ @array } = ( );  my @uniq_array = sort keys %saw; #@array 是要去重复的数组,@uniq_array是去重复后的数组

文章 RDA CCA 分析

..., rda()的调用格式为:   #调用格式 1 rda(Y, X, W) #或者 2 rda(Y~var1+var2+var3+factorA+var2*var3+Condition(var4))   第1种调用格式,Y为响应变量矩阵,X为解释变量矩阵,W为偏RDA分析需要输入的协变量矩阵。当不考虑协变量时,可直接输...

问题 利用snp找caps标记时出错

老师你好,我在使用如下命令 perl script/dcaps.pl -vcf E-P-chr8-out.snp -fa Chr08.fa -len 300 -od out -m 1000 2>out.log 出错,请问该怎么解决