问题 全基因组关联分析GWAS教程中的beagle填充问题

命令为： cd $workdir  #回到工作目录mkdir 06.imputecd 06.impute beagle -Xmx10g -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR gt=$vcf out=all.impute impute=true window=10 nthreads=5 具体报错为： java.lang.IllegalArgumentException: Sample Line68 has an inconsistent number of alleles. The first genotype...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE146771)

...的巨噬细胞和传统树突状细胞 (cDC) 亚群作为肿瘤微环境中细胞串扰的关键介质。定义小鼠肿瘤中可比较的骨髓细胞群，能够表征它们对骨髓靶向免疫治疗的反应。抗CSF1R治疗优先耗尽具有炎症特征的巨噬细胞，但保留小鼠和人类...

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程或者代码？（ps:有没有实操性强一点的教程，针对没有R语言基础的小白）

问题 你好，我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中，提取的信息不太对

你好，我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中，提取到了如下结果，我的物种的基因组gff文件开始部分的格式如图所示，这个要怎么处理呢？谢谢

问题 WGCNA中过滤低表达量（0.5）时datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]不成功，且变量从上步30769变成了0. ？

老师，您好，WGCNA分析中，过滤低表达量的数据中，运行代码如图，运行到datExpr0[n+1,]=apply(datExpr0[c(1:nrow(datExpr0)),],2,mean)一切正常，有30769个变量，但是datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]这步运行始终不成功，也不报错，变量...

问题 共享文件建立以后，提示“Broken shared folder!”错误，然后在操作界面中输入“LL”显示不出share文件

问题 老师您好，差异甲基化分析中使用CHAMP包时，是如何确定case组和control组啊

group_list=myLoad$pd$Group myDMP <- champ.DMP(beta = myNorm,pheno=group_list) 这里是怎么确定case组和control组啊，我自己对差异后的探针求和，发现好像反了，也不知道如何调整

问题 老师好，我在运行qtlplot的时候，出现下图中这样一个错误，请问这有可能是什么原因导致的呢？

问题 群体结构分析课程中文件格式转换这一步按着课程代码输入怎么也不成功，这是为什么呀

问题 kaks分析时候基因的txt文件中基因的出现乱序如何使用代码进行统一整理

红色框中是两个基因并列在的一起，导致后续的分析没办法继续 这样的文件一共有600多个，所以希望老师能给我一个代码进行统一的整理，谢谢

问题 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

...i -alrt 1000 --prefix iqtree 出现了下面这个警告，说我的文件中含有蛋白序列可是我的文件是使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件的，里面是应该只包含蛋白序列的我疑惑的是一个样本在某一个确定的位置上它的碱基应该是确...

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ

GDC中转录组的表达量文件有3种类型，分别对应着不同的定量方法。 FPKM The Fragments per Kilobase of transcript per Million mapped reads (FPKM) calculation normalizes read count by dividing it by the gene length and the total number of reads mapped to protein-coding gene...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时，需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。提取的话，可以采用如下的代码实现。 #!/usr/bin/perl -w use strict; my $biotype_file = shift @ARGV; my $gtf = shift @ARGV; my $biotype = shift @A...

问题 在使用Gepard时出现了这样的图，与教程中的不一样，请问是哪里除了问题，如何改正？

正确的图如下，我的图（上面的）是出什么问题了？

问题 下面R语言while循环中为甚输出的不是最后一个值？

> x=c(1,1) > i=3 > while(i<=30){ +  x[i]=x[i-1]+x[i-2] +   i=i+1 +   } > x  [1]      1      1      2      3      5      8     13     21     34     55     89    144    233    377    610 [16]    987   1597   2584   4181   ...