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文章 Excel数据分析技巧之方差分析

...。 方差分析最简单的形式就是单因素方差分析,在这里编就为大家介绍使用Excel 2010软件进行单因素方差分析的方法。 注意事项 在使用Excel进行方差分析前,需要确定“工具栏”是否安装了“分析工具库”,若没有安装,则...

问题 在NCBI网站上,同一个SAMN具有多个SRR文件,获得的fastq文件合并成一个文件

在NCBI网站上,同一个SAMN具有多个SRR文件,如何将这些下载下来的多个fastq文件合并成一个文件,并且最后获得read_1和read_2文件

文章 fastqc质控报告查看

...象,如果原始数据很大(事实往往如此),对所有序列的比较将会需要很大内存,所以FastQC只用前100,000条reads来进行统计,以反映全部数据中序列重复度情况。而且,大于75bp的reads只取前50bp进行比较,由于reads越长越不容易完全...

文章 linux 从文件中随机抽取部分数据

如何从某一个文本文件中随机抽取一部分数据。譬如右下方这样的基因表达量数据的统计文件ref_trans_full_table.xls目标是由此文件中随机抽取一部分数据。 1、可以利用shuf获取随机数据,譬如随机选出其中的10个基因:(先获取...

文章 双通道芯片MA和density

...mma包可以对芯片数据进行处理,读取的原始数据格式的也比较多,包括gpr、txt等,这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后,获得RGList或者EList,前者对应双色芯片,后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGList...

文章 cBioPortal数据库使用教程

...可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式,并比较点多癌症研究中基因改变频率,或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索,生存分析,基因改变间的相互独特性分...

文章 linux:简单使用(2)

...建一个yangsm的一个文件#和上面有区别哦 2:在vim文件中如何退出 a、Escb、ctrl+;#可以加上 如:wqc、q #其中q表示退出,q!#表示强制退出 2:下载软件 wget +链接 3:cat命令 一次性显示整个文件的内容 cat+file.name+|+tac#表示...

问题 bootstrap consensus tree导出nwk文件格式时Branch_lengths选项无法选择

但是在导出Original Tree时就可以选择,而且我在忽略Branch_lengths选项导出nwk文件时,发现树的结果与生成的树有变化,想请教老师如何设置我可以选择Branch_lengths选项,bootstrap=1000,画树时的每一步设置都与课程中的操作一样

问题 cafe进行基因家族扩张和收缩分析,重复报错Families with largest size differentials

...cafe5仍然报错,多次循环之后还是一直报错如下,请问该如何解决?望各位老师回答,谢谢!

问题 利用代码绘制共表达网络时,有一个聚类最多的基因颜色模块没有导入Cytoscape的两个文件,谢谢老师

如何可以补充青色的基因模块,并生成导入Cytoscape的两个文件

文章 Windows里MaxQuant下载与安装

...质搜库分析,运行软件需要配置对应版本的.NET Core SDK,如何下载.NET笔记:https://www.omicsclass.com/article/2243     打开软件开始分析: 3. MaxQuant软件的使用     操作笔记:https://www.omicsclass.com/article/1521 4. Linux系统上MaxQuant软件的...

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”中,CoNet构建网络时的问题

...络中依旧留有只有一个方法计算显著,请问原因是什么?如何解决? 再一个问题就是用Gephi可视化的,导出的边的数据中显示关系强弱的就是用的“weight”这列数据?

文章 NCBI基因组数据格式修改

...名规则的,跟我们通常用到的完全不一样。遇到这种情况编都会去其他数据库下载基因组数据。但是,总会有部分基因组是在其他数据库里找不到的,那就只能认命用NCBI上的基因组了,但说实话真的不好用。 因此编专门写...

文章 《基因家族分析实操》直播培训(第二期)火热报名中!

...描下面的二维码进行报名吧!             扫我识别程序报名 更多学习资料: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?...

问题 构建物种发育树,使用busco获取单拷贝基因出错

...tus进程在运行。想询问老师们,是否有遇到这样的问题,如何解决。同时是否有其他的软件可以搜寻。 同时,我在查询教程和资料,有许多构建的方法是使用orthofinder,输入各物种的蛋白质序列进行分析。 但我分析的物种中...