问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...经获得了转录组测序文件，后面想接着做BSR分析，vcf文件中包含了亲本和混池的snp信息，但是每个样本各有3个生物学重复，请问这种情况下我该怎么合并这三个重复的数据呢？因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据...

问题 老师您好想想您请教一下这个wgcna中临床表型如何转换为数字性状数据呢，不知该如何定义

问题 大家好，我想问一下，在转录组测序结果中FDR显示--是检测不出来还是其他的意思？

问题 共线性分析时，导出的文件WRKY.collinear.pairs出现这样怎么回事，运行过程中没有报错

问题 做基因家族，需要下载图片中哪些文件？Genome Gff CDS Protein dou都需要下载吗

问题 请老师帮忙解答，运行的构建泛基因组图谱的代码，生成的文件比视频中少很多

文章 meme分析motif结果中，自己序列上的motif序列信息查看

... MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站，其中MEME算法是基于最大期望值（EM）算法来识别motif。 分析结果如下： 点击上面的more按钮，就可以得到该motif在自己提交分析基因上的序列信息： 视频课程：https:...

问题 ParaAT 多序列比对 报错 2.0

...个数为：cds=pep*3+3，是3倍关系 —————— 并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时  #合并成supergene seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta 输出的结果是空的…… 用蛋白质或cds比对结果构建进化树...

问题 TCGA分析得到的risk score如何用自己的数据进行验证，定量pcr可以吗？

通过学习TCGA生存分析课程，得到了几个基因的risk score，但现在我想用自己的样本进行验证，是不是必须测序，就用定量pcr可以验证吗，该怎么计算？

问题 有参转录组自主分析学习过程中遇见的问题

...析的时候后，分析的是水稻的转录组。在整个分析的过程中，我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa）和基因组注释文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3），然后利用命令：gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.g...

问题 老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析，下面是基因家族列表这是通过泛基因集构建得到的泛基因列表， 下面是整理格式后的结果 下一步是获得该家族基因的泛基因编号，grep -f foxtail_millet.GRASgene.list foxtail_millet.pa...

问题 单倍型分析中优势单倍型这个柱状图是怎么统计出来的？

老师好，GWAS教程最后一章提到了LD热图的做法以及候选基因的筛选，但“优势单倍型”结果的统计并没有提及。想问一下老师，有没有这部分的教程？

文章 Perl 中的特殊变量 $&, $`,$'

Perl 中的特殊变量 $&, $`,$' 用在模式匹配中 $&  用来存放匹配中的值 $`   用来存放匹配中之前所有字符 $'   用来存放匹配中之后所有字符 如： #!/usr/bin/perl -wmy $a = "left middle,right";$a =~ /(\w+,)/;print $&."\n";print $`."\n";...

文章 mcscanX基因组内共线分析输出结果解读

...;会输出很多文件,这里给大家解释一下，方便从结果文件中找到想要的信息： 1.T.tandem  基因组内所有的串联重复基因对 2.T.collinearity  基因组内所有的共线性区块，每一个alignment就是一个共线性区块，且区块里面的基因一一...

问题 群体遗传进化分析课程中，如下图所示利用run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个代码并没有在01.phylo_tree文件夹中得到supergene.phy的文件