文章 NCBI 基因ID命名规则 Ensembl数据库ID命令规则

...后代表的是什么： NCBI中 前缀 意义 NM_/NP_ 已校正的mRNA/蛋白序列ID XM_/XP_ 软件预测的mRNA/蛋白序列ID NC_ 一般为染色体序列ID NG_ 基因序列ID NT_ 一般为contig序列ID ...

问题 docker安装出错了

...to start   在 Docker.Engines.LinuxkitDaemonStartup.<WaitAsync>d__5.MoveNext() 位置 C:\workspaces\main-merge\src\github.com\docker\pinata\win\src\Docker.Engines\LinuxkitDaemonStartup.cs:行号 54--- 引发异常的上一位置中堆栈跟踪的末尾 ---   在 System.Runtime.Ex...

问题 Rstudio进行WGCNA分析时无法输出GS和MM值表格，无法输出cytoscape nodes edges文件

...他的代码都能正常读取并获得相应的图片，但是不能输出GS和MM值表格和cytoscape nodes edges文件。代码输出结果如图所示。请老师帮忙查看，是什么原因，应该如何修改？十分感谢！

文章 kraken2生成的biom文件处理

...删除未具体命名的分类级别 import argparse from biom import load_table, Table import numpy as np def main(): # Parse command-line arguments parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('-i', '--input', help='Input biom file', required=True) parser.add_argument('...

文章 linux 重定向

...一个简单的python脚本说明： 脚本如下： # coding: utf-8 if __name__ == '__main__': print 'Hello' int('Hello') 该脚本先输出"Hello"，这一步是正常的，然后将"Hello"转换为int类型，这里会报错。直接运行： $python test.py > txt Traceback (most...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

echo pick_otus:similarity 0.97 > otu_params.txt echo pick_otus:otu_picking_method usearch61_ref >> otu_params.txt   #uclust_ref,usearch_ref, usearch61_ref echo assign_taxonomy:similarity 0.8 >>otu_params.txt echo assign_taxonomy:assignment_method uclust >>otu_params.txt # r...

问题 老师，我需要用cufflinks Linux x86_64 binary做表达分析，根据课程安装了虚拟机导入的linux系统

...以及成功导了入linux系统，现在要下载安装cufflinks Linux x86_64 binary。想问一下在虚拟机的Linux系统下怎么安装cufflinks Linux x86_64 binary，以及有没有cufflinks Linux x86_64 binary安装包以及操作指导。

文章 libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found 报错

...object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so':  /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.5' not found (required by /share/work/biosoft/R/R-v4.2.0/lib64/R/library/data.table/libs/data_table.so) 原因是 /share/work/biosoft/lib/libgomp.so.1库...

问题 R语言怎么写循环，对多个元素进行重复操作？

R语言怎么写循环，对多个元素进行重复操作？AlQWT_vs_AlQC14_id = data.frame(AlQWT_vs_AlQC14$Mapped.ID)AlWT_vs_AlC14_id = data.frame(AlWT_vs_AlC14$Mapped.ID)OAlWT_vs_OAlC14_id= data.frame(OAlWT_vs_OAlC14$Mapped.ID)OQWT_vs_OQC14_id= data.frame(OQWT_vs_OQC14$Mapped.ID)PQWT_vs_PQC13_id=...

问题 老师您好，我提取了bed文件，但是用perl get_fa_by_id_from_bed.pl Ca.bed Carietinum_492_v1.0.cds.fa Ca.cds这个命令提取到的cds文件为0

问题 ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes'如何解决

如题，谢谢

问题 WGCNA分析中模块与性状相关性与MM vs GS相反？

WGCNA分析中，在某红色格子里成负相关(p<0.05)，然后在做Module membership vs. gene significance时，结果反而为正相关，也有意义，可以帮我解释一下吗？性状都是二分类，0，1. 谢谢！

问题 smooth.value

...smooth.value 是怎么计算出来的？ chrstartendvaluesmooth.value NC_062971.11100000-0.632539336016865-0.430585052618588 NC_062971.150001150000-0.632539336016865-0.433298065264543 NC_062971.11000012000000.621196287833271-0.442354486662376 NC_062971.1150001250000-0.599381517194434-0.45062339...

问题 rnaseq分析中片段inner size出现问题

...5NS1 DL125NS2 DL125NS3 DL125PS1 DL125PS2 DL125PS3; do echo "RUN CMD: inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE_BED  -o ${i}_inner_size" inner_distance.py -i $workdir/3.map/hisat2/${i}.bam  -r $GENE_BED  -o ${i}_inner_size done 命令输出： > echo "RUN CMD: inner_di...

文章 IF=4.3|棉花GT64基因家族的泛基因组分析及对黄萎病的表达响应

...下图A~图H。 03 — 实验室功能验证分析内容 03-1. GhGT64_4基因增强烟草抗病性 基于前期分析，作者重点关注了陆地棉GhGT64_4基因，并通过实验将该基因转化到烟草中，观察烟草抗病性。 选取野生型烟草和过表达GhGT64_4野生型...