问题 老师 我在做blast比对时 由于速度太慢 我使用了diamond命令 但发现生成的表格比对序列的太多 我想提取比对最好的前5个 请问怎么用perl提取呢

问题 老师好，我的structure分析输出为空的，下面是我的基因组gff文件基因的id名字后面还有外显子内含子等等 get_gene_exon_from_gff.pl

老师，下面是我（第二张）打开TNF_domain_new_out_removed_redundant.txt时的情况 第三张是我的TNF基因ID 第四张是那个脚本 我不知道问题出在哪里，麻烦老师帮忙解答一下

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值 计算育种值与GWAS表型性状数据整合

GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xet.tech/s/2KgXQq  Best Liner Unbiased Prediction  最佳线性无偏估计 育种值既然重要，计算育种值的方法要配套，最好的方法目前就是BLUP。 BLUP是一种数据分析方法，用的是线性模型方程组，采用...

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

在基因表达分析中，FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads） 是常用的基因表达定量指标。为了直观展示不同样本中基因的表达分布，小提琴图（Violin Plot）因其能同时显示数据分布和密度，成为科研绘图的热门选...

文章 meme安装报错

... ^xsltutils.c: In function ‘xsltSaveResultToString’:xsltutils.c:1758:26: error: dereferencing pointer to incomplete type  *doc_txt_len = buf->conv->use;                          ^xsltutils.c:1759:37: error: dereferencing pointer to incomplete t...

文章 linux使用ossutil下载阿里云数据

...ssutil软件，但数据量很大的时候例如100G+，用windows软件下载就太慢了。 这个软件也提供了Linux版，使用它在Linux上下载阿里云数据非常方便， 一、软件下载 软件下载地址：安装ossutil (aliyun.com) 如果有sudo权限，还可以使用以下...

问题 TB-tools打不开

老师，我从《组学大讲堂——基因家族分析》下载的TB-tools打开后不现实全部界面，应该怎么办呢？电脑也装了java了。  

文章 2023年秋季线下/直播培训火热报名中！

...员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最亮的仔！ 在这个天高气爽的秋天组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程，早报名可享受早鸟价优惠！购买录播课的学员参...

文章 读博能有多惨？毕不了业还要被当数据研究！

...一张图片，给大家分享一下， 如图： 一个字，惨! 毕不了业还要被当数据研究，博士们真的是惨兮兮的呢。。。 比起最近的毕业论文答辩、考研等热点话题满天飞， 考博之战，真的每年都显得那么的静悄悄， 这是不是...

问题 结构变异注释结果文件为空

老师，您好，我在进行结构变异分析的注释这一步后，发现输出的文件都是空的，前面的代码跑出来也没有问题，不知道是什么原因造成的。我的VCF文件中只有插入和缺失数据，见下图。

文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...B | -b <dir_path>}   选项:     --version : 输出软件的版本信息     -G 参考序列的基因注释文件 (GTF/GFF3)     -l 输出转录本的名称前缀 (default: STRG)     -f 最少转录本的比例 (default: 0.1)     -m 组装转录本的最小长度 (default:...

文章 GWAS cFDR 多效基因分析

library(dplyr)library(ggplot2)library(RColorBrewer)#library(GWAScFDR) #library(condFDR)library(cfdr)mycol=c(brewer.pal(7,"Set2"),rev(brewer.pal(8,"Set1")),brewer.pal(8,"Set3"),brewer.pal(12,"Paired"),brewer.pal(8,"Dark2"),brewer.pal(7,"Accent"))stratifiedQQplot = function(p1,p2,             ...

文章 R 包 osqp安装报错

...orrectly. ERROR: configuration failed for package ‘osqp’ 解决版本，降低版本： wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/osqp/osqp_0.6.0.7.tar.gzR CMD INSTALL osqp_0.6.0.7.tar.gz

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

...了，我们可以根据NCBI的分类数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzwget -c ftp://ftp.ncb...

文章 BSA分析之MutMap分析原理详解！

BSA分析原理 BSA（分离体分组混合分析法或混合分组分析法，又称 集团分离分析法，Bulked Segregant Analysis）分析法首次由Michlmore等提出并成功地在莴苣中筛选出与目的基因相连锁的标记。该方法首先从一对具有目标基因的表型差...