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文章 镜像加速(Docker Toolbox)与挂载数据到到虚拟机

...重启default(选做)docker-machine restart default 二、挂载数据到虚拟机: 1. 先设置 到 VirtualBox 中 docker 用的那个虚拟机的共享文件夹  填写好共享文件夹路径和名称。如:共享文件夹路径:d:\ 共享文件夹名称: d  然后勾选...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

“ 饼图(扇形图)时常用于对统计数据的可视化,在 R中,很多R包用于绘制饼图,例如ggplot2、ggsunburst就能绘制出好看的饼图,操作如下” 1. 加载所需要的包 library(RColorBrewer)  #调色模板library(ggplot2)  #绘图library(dplyr)  #数据...

问题 老师,您好,我在16S数据实操中的qiime聚类生成otu的三个方法中,都出现了运算中断的问题,不知道哪里出错了,在挨个进算的时候发现图中的这步运行有问题,老师您看看是哪里出错了(╥_╥)

问题 老师您好,我在运行megahit对200多个环境微生物宏基因组数据进行组装时,megahit报错Exit code -9

2025-05-26 07:57:39 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:15:16 - b'INFO  sorting/seq_to_sdbg.cpp       :  191 - Read 65536 reads to search for mercy k-mers' 2025-05-26 08:27:54 - Error occurs, please refer to /data2...

问题 一般GEO中的双通道芯片是可以下载到series_matrix.txt文件的,这个文件中我看值应该是去过log2的,我看网站介绍说文件里面的值是Normalized log2 ratio of normalized intensities defined by CH2/CH1,这句话是不是意思是两个样本荧光强度比值取对数之后的数据,如果是的话我可以直接看出基因的差异表达了,我可以直接拿这个数据来作图说明我所研究的基因家族成员发生了差异表达吗?因为在文献中也没有见过这种情况的作图,希望老师指点一下,谢谢老师

文章 Beta多样性分析

...用于多种分析方法,下面主要介绍一下这些方法。 注:数据范围0-1,数值为0时表示两个样本间不存在多样性差异,数值越接近1,表示样本间的β多样性差异越大。PCA分析 主成分分析PCA(Principal component analysis)是一种研究数据...

文章 你懂荧光定量PCR吗?要点一二三帮你解惑

...信号达到设定的阈值时所经过的扩增循环次数。 Q-PCR数据分析·2-ΔΔCt法 内参基因Ct值归一目标基因Ct值:ΔCt(test)=Ct(target, test)-Ct(ref, test)   对照样品ΔCt值归一实验样品ΔCt值:ΔΔCt=ΔCt(test)-ΔCt(control)计算相对表达量:相对...

文章 Linux中for循环使用

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 GATK ERROR MESSAGE

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 简述一代、二代、三代测序技术在应用上的区别

...来从几千元1G(1G即10亿碱基)降到了到今天的40多块钱1G数据量,这个过程中基因组De novo测序,转录组、小RNA、LncRNA、circRNA测序,DNA甲基化测序,高密度遗传图谱,大规模GWAS关联分析等等实验手段得到了广泛的推广应用。 对其...

问题 perl脚本去除重复的hmmer搜索的转录本ID为一行,且结果ID是蛋白序列ID。

...留一个作为基因的代表,此步建议对脚本输出的文件手动筛选,挑选ID: perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt 查看解答区的相似问题:老师的解答为:GFF文件可能不是标准...

问题 老师您好,请问一下在做WGCNA的时候,形状数据文件具体是哪种的呢,因为课程里的是直接给出来的形状文件做分析,看着有点摸不着头脑,想请问一下这个形状文件是怎么来的吗?我还不太理解这个文件

问题 老师您好,基因家族分析,已有文献对某基因家族进行了命名,但是使用新版本的基因组数据发现有一些新成员,想要重新用新版本分析一遍,需要重新把所有的命名吗?还是只针对别人的基础上命名新成员,该如何命名

文章 在线绘制差异基因kegg注释图

...一下如何在Windows下对差异基因进行kegg注释。 一、输入数据准备: 首先要准备的是各比较组(比如CK1比上Treat1)的差异基因列表,一般公司做完的标准分析结果里已经包含这部分内容了,通常在“DEG_Analysis”文件夹里,我们用...

文章 如何预测同一基因不同转录本对应蛋白的功能域差异

...基础。 查询转录本 查询某基因的转录本可以通过多个数据库进行,像UCSC、Ensembl等,今天小编再推荐一个非常好用的数据库—Uniprot蛋白数据库。 以目植物中前研究比较热的明星基因“FLC”为例,为大家演示操作过程。 首先...