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问题 SRA数据下载

我用命令ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 下载SRA数据时总是断开，有什么办法可以让这个命令重复运行，能不能帮我写个shell 脚本 让这个...

文章 敏捷开发流程,您缺一个这样的协作平台

...优势。 敏捷开发宣言是这样重新定义研发过程： • 个体和交互胜过过程和工具 • 可以工作的软件胜过面面俱到的文档 • 客户合作胜过合同谈判 • 响应变化胜过遵循计划 敏捷开发模式的践行，并非易事。首先...

文章 Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

...eZilla指明本机私钥位置。 在FileZilla中，导航栏FileZilla->Settings->Connection->SFTP->Add key file，会调用操作系统的Finder，一般来说SSH的公钥私钥在"~/.ssh"目录下。但是调用操作系统的Finder没有直接访问“~”目录的方式。 可...

文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

使用方法： usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_GEO_immu/scripts/subset_row.r       [-h] -i input -m idlist -c colname [-o outdir] [-p prefix]get subset by IDoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i input, --input input                ...

问题 mutmap

perl mutmap/mutmap.pl -vcf data/mutmapDemo.vcf  -parent P -bulk Bulk -key Demo -od mutmapOut -win 2000000 -step 100000 -minCount 5 -ems 老师，以上是组学大讲堂里关于 mutmap 分析的命令，我看了 mutmap.pl 脚本里没有 --min-SNPindex 参数，我看好多文献都说，进行 ...

问题 MITE转座子

...因组注释课程的脚本，注释出的MITE类DNA转座子是否会和P, PIF, TcMar, hAT等类型的DNA转座子有重复？ MITE类转座子的结果非常高正常吗？我按照脚本运行，没有报错，结果如下，只有MITE和Gypsy的含量非常高，其他重复序列含量都很...

问题 基因组注释 PASA_updata

...做的从头预测，因此这一步比对不上，env整合用上了stringtie和三个从头组装的结果进行整合，是否可以直接用env.gff3进行基因过滤后，作为最后的结果？ Launch_PASA_pipeline.pl \ -c annotCompare.config \ -g  contig.fa \ -t ../04.PASA_assembly/all_...

问题 reseqv2.0镜像annovar报错

...eq/5.var_ann]# table_annovar.pl $workdir/4.snp_indel/var_qc/pyb4.clean.vcf.gz $refdir      -buildver unknown -out $workdir/5.var_ann/snp      -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput NOTICE: the --polish argument is set ON automatically (use --nopolish to change this behav...

文章 哪种生物信息学习方式最适合你？

...，资源还是很丰富的。 缺点就是不够系统，为了满足一个目标可能需要从多个地方找资料，当然也没人一起交流请教，全靠自己摸索，费时费力。 ↓↓录播↓↓ 点评：通常说网课一般就是录播教程了，优点是有了视频的演...

问题 SRA下载

...行，要不然我只能盯着服务器，断了之后人工再运行。ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list fastq.txt ./ 是不是可以把这个命令多复制几行，放在shell 脚...

文章 DevOps 从理论到实践指南

...证的实验性交付闭环，基于实际用户反馈调整计划和需求更好的质量保障，在代码检查，功能和非功能验证，以及部署各方面建立较完善的质量保障体系，尤其是自动化测试集更高绩效的团队，包含业务，开发测试，和运维职能...

问题 利用snp找caps标记时出错

老师你好，我在使用如下命令 perl script/dcaps.pl -vcf E-P-chr8-out.snp -fa Chr08.fa -len 300 -od out -m 1000 2>out.log 出错，请问该怎么解决

问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2

问题 docker 启动报错&容器中进程终止

...[0000] invalid internal status, try resetting the pause process with "/usr/bin/podman system migrate": could not find any running process: no such process  以及前期在docker中进行进化树构建时，进程经常自动中止（docker 创建时指定了最大使用内存为96g）（需要建...

文章 loom 文件转换成Seurat对象

library(SeuratDisk)library(Seurat)setwd("/share/nas1/huangls/project/single-cell/20220526/ann1/3.seurat_cluster/B0507-old/cell_ann")brain.loom <- Connect(filename = "l5_all.loom", mode = "r")brain <- as.Seurat(brain.loom)saveRDS(brain, file = "Adolescent.l5_all.rds")write.table(data.frame(barc...