找到约 15 条结果

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ

...0^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数,比如edgeR和DEseq2,要求输入的为counts数。 如果是计算样品间的相...

问题 转录组分析-质检

运行过程中出现箭头的问题,代码没有错误,应该是gz文件的问题,不知如何解决。测序是双端测序,利用fastq-dump转sra为fa文件

问题 GWAS分析

老师,请问我GWAS关联到的,显著信号区域内的几个基因,在选择清楚分析中也是信号显著,但是在我的两个分组中的表达量是没有显著差异的。这样要如何解释呢

问题 基因家族Pfam号

请问如何找到所有基因家族的Pfam号?或HMM模型? 只能一个个去看文献找,还有有已经统计好的文献? 谢谢

问题 串联重复基因circos绘制错误

请问老师这样应该如何修改配置文件,才能继续绘图?

问题 WGCNA表达基因

老师,您好,我用GEO数据库的表达矩阵做WGCNA分析,总共34个样,表达矩阵中有60000多个基因,基因太多,如何进行筛选?WGCNA是否有处理这样大量数据的方法?

问题 admixture绘制群体结构图

admixture绘制群体结构图  如何添加分组信息

文章 施一公:如何提高英文的科研写作能力

...t you think. We can aim for a Science report.”(这是初稿,你看看如何,我们可以试试《科学》)我仔细一看,天啊!一共7页,四个多时Jeremy已经把文章的整体写完了,只是缺少Method和 references。让我郁闷的是,他根本没有用我的初稿...

问题 关于Itol使用

您好,请问,itol 官网提供的tree.txt文件中internal node id 怎样生成的呢?我没看到,如何生成这种带有internal id 的newick 文件的方式,非常感谢

问题 基因家族成员鉴定

由于我基因家族成员过多,建树一直报错,就想尝试结构域建树,就想问问老师如何批量获取我序列的结构域,我看ncibi的CD search结果中没有提到结构域序列。

问题 参数设置

1.图中的-L参数,如果有20条染色体,就需要设置为-L1 -L2...-L20吗 2.qeseq脚本中的-t 线程数和-Xmx内存数如何设置能最大利用资源,例如在超算上选择48核心有336G内存,怎么设置好呢?

文章 鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

文章 关于基因家族成员构建进化树时报错如何处理!

...况就是序列之间的确差异很多,需要删除比对后的gap,用比较保守部分构建进化树。 第二种可能性就是部分假基因, 遇到这种情况就需要大家对自己鉴定出来的基因家族进行进一步的鉴定,方法就在课程: 上图红色箭头指...

文章 RNA分类

...coding RNA) <200bp             2.1.2.1. snRNA(small nuclear RNA 核RNA):剪接体的成分,有助于剪接RNA             2.1.2.2. snRNA(small nuclear RNA)是真核生物细胞核内的一种RNA,长度约为100-300 nt,每个细胞中大约有10万到100万个分...

问题 转录组送样细胞固定

你好,我是想先自行激活RBL-2H3细胞通路然后送公司检测,如何保持细胞通路一直保持激活状态?用多聚甲醛吗?多少浓度?还有别的办法吗