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问题 跟着课程跑了一遍BSA的结果,但发现输出图片的横坐标是固定的,只有40Mb左右,而我自己的数据中染色体有100Mb左右,输入后会报错,想问一下有没有办法调整这个宽度?

问题 请问大佬,做转录组分析时,fpkm_and_plot.R分析数据时,出现错误Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (100276): x,这个怎么解决呀?

问题 老师,我研究的植物有人已经构建了泛基因组,用的从头组装比对的方式,我想问一下,如何利用他的数据做我的研究,我可以添加几个自己的物种进去吗,请老师给个研究思路

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文章 biolinux导入虚拟机后启动报错,报错信息返回代码:E_FALL(0x80004005)

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文章 tripal搭建基因组数据库网站

下载tripal官方镜像: docker pull   tripalproject/tripaldocker:latest 下载tripal模块: git clone https://github.com/tripal/t4d8 启动镜像运行网站: docker run --publish=80:80 --name=t4d8 -tid --volume=/web/t4d8:/var/www/drupal8/web/modules/contrib/tripal tripalproject/trip...

文章 Biopython之序列输入

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文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...器硬件选择注意事项 服务器硬件选择,服务器作为大型数据分析工具,虽然本质上也是一台电脑,但是,对数据分析的效率以及数据存储安全性的要求非常高。因此,我们服务器电脑上的硬件(CPU,内存,硬盘等等)与普通电...

文章 批量下载多个链接的文件

... Object Storage,COS)是由腾讯云推出的无目录层次结构、无数据格式限制,可容纳海量数据且支持 HTTP/HTTPS 协议访问的分布式存储服务,具有高扩展性、低成本、可靠安全等优点。通过控制台、API、SDK 和工具等多样化方式,用户...

文章 csvtk,A powerful software for handling CSV files

...灵活性和效率,对于经常处理CSV文件的人来说,特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的领域,CSVTK都是一种非常有价值的工具。 CSVTK的最大优点之一是其跨平台兼容性,这意味着你可以在各种操作系统中使用它...

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析,如何获取水稻的数据库?

我们在使用clusterProfiler做GO富集分析的时候,需要在Bioconductor上下载目标物种的注释包,比如人类的: 有一些物种的注释包是能够下载到的,Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包,包含了这些模式物种的GO及KEGG注释...

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...。但其中只有GeneMark是必须的,因为我们更多是利用RNA-seq数据进行模型训练,而GenomeThreader, ProHint是利用同源蛋白进行注释才用到,其中GenomeTrheads是处理近源蛋白,而ProHint是处理未知距离的蛋白。#基因组命名应该简单,最好就...

问题 想请教老师热图里的Row-z-score和Column-z-score分别是如何计算。我的数据热图用Row-z-score画完结果显示与实际数值不大对,选column好像才对。

问题 老师,您好,我在用你TCGA课程的cox函数做生存分析,每次通过barcode 提取病人的编号,rowname 转换成病人编号,取barcode 前12位,datExpr里面的barcode 编号分隔符变成“.”,然后合并数据后clin变成了0

文章 阿里云 oss linux命令行下载数据使用方法

...在地域的Endpoint。各地域Endpoint详情,请参见访问域名和数据中心。您也可以增加http://或https://指定ossutil访问OSS使用的协议,默认使用HTTP协议。例如使用HTTPS协议访问深圳的Bucket,设置为https://oss-cn-shenzhen.aliyuncs.com。accessKeyID、ac...