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问题 qPCR问题

老师您好,我想问一下,Qpcr交叉点如何定义?交叉点是阈值吗?有没有固定的定义?

文章 2019基因编辑最新进展,CRISPR/Cas9还有优势吗?

...验周期长且步骤繁琐,而且,可能有实验安全问题,难度系数对于普通实验室来说不是一般的大。   虽然目前市场上有很多CRISPR/Cas9体系,但是普遍都不承诺编辑效率,假阳性率高,靶点命中率低,质量堪忧。这个时候,选...

文章 DNA SequenceLogo

推荐一款绘制DNA sequenceLogo的工具,下载后无须安装即可使用。 下载链接:https://github.com/DNAworker/DNAlogo 使用界面: 文件输入分直接拷贝粘贴,或者提供序列文件导入,如下图,设置包括显示坐标轴类型,刻度等。注意...

文章 LncBase: 一个预测人类miRNA 靶向lncRNA的网站

...式:基于实验验证的预测和电子预测两种模式 2. 使用比较简单:输入miRNA 和lncRNA的编号即可,适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3.  支持数据库下载:如果分析miRNA或lncRNA较多的话,可以将该数据下载到本地,在本地进行预测分析...

问题 代码报错

这个代码报错我看不懂,请问老师这个要如何解决呀,我用的是自己下载的昂飞芯片数据

问题 基因组注释

选择性清除结果Fst如何注释?Ensemble万丈迟迟打不开

问题 mega使用时出错

请问这是什么原因,该如何解决?谢谢!

问题 VCF文件

vcf格式文件中REF列全部是N,如何将其替换为与参考基因组文件一致的碱基

问题 hmmsearch的选择

像这种 从一个开始 后面两个 from to 就不一致的应该如何选择呀?

问题 基因组

老师用你们基因组注释的镜像和脚本进行EGGNOG注释一直提示里面没有tidyverse这个R包,请问应该如何解决。

问题 保守结构域

您好,当基因序列差异太大时,建议用保守结构域构建进化树。请问保守结构域该如何提取呢?不是蛋白结构域吧?

文章 TCGA数据库中应该下载哪种表达量数据HTSeq-Counts,HTSeq-FPKM,HTSeq-FPKM-UQ

...0^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数,比如edgeR和DEseq2,要求输入的为counts数。 如果是计算样品间的相...

问题 果实发育时期的转录组热图中,有几个基因在各个时期均表现低FPKM值,请问是转录组数据有误吗?

...中,自上数第2-5个条带,分别是4个基因,FPKM 都在在0-2的数值,表现为基本不表达。 请问这种情况,有什么可能原因呢,是由于转录组数据有误、或是基因有误吗?我该怎样检查呢? 请老师指导!

问题 mega构树

想请教一下老师,mega软件导出来的network文件,用figtree打开为啥是数?figtree中如何只显示大于70%的bootstrap值?

文章 关于基因家族成员构建进化树时报错如何处理!

...况就是序列之间的确差异很多,需要删除比对后的gap,用比较保守部分构建进化树。 第二种可能性就是部分假基因, 遇到这种情况就需要大家对自己鉴定出来的基因家族进行进一步的鉴定,方法就在课程: 上图红色箭头指...