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文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...工具（Whole Genome Alignment, WGA），采用 层次化比对算法（Progressive Alignment），能够高效处理跨物种或同物种的基因组比对任务。Cactus的核心是全基因组比对工具（Whole Genome Alignment），但它独特的层次化比对算法使其成为构建泛基...

问题 awk命令使用求助

请问我想以（）为分隔符，提取GO number，先用sed 's/(/\t/g' | 命令把（）替换了，然后发现不对 还有一些不需要替换的，我就不知道怎么判断了。请老师指教

问题 构建系统进化树

为什么在GWAS中构建系统进化树多了一步排序呢？是起到什么作用呢？ run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

问题 序列上传

老师您好，我想问一下我在Biosample 填写样品Attributes的之后，总是说我样品名出错，用数字1.2.3，或者字母A/B/C/D...都不行，应该怎么改啊应该怎么改啊，谢谢老师

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

命令：/data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -gk 2 -p /wtmp2/user049/yushiyan/-P/pheno.txt -o /wtmp2/user049/yushiyan/kinship/result.kinship_n21 ERROR: Enforce failed for number of analyzed individuals equals...

文章 代谢组数据上传NGDC！简单又快捷！

...、国际领先的基因组科学数据中心。 2020年中心开发了8个全新数据库 (2019nCoVR，Aging Atlas，BrainBase，CGIR，GTDB，LncExpDB，scMethBank和TransCirc)，更新和丰富了多个核心数据库资源 (BioProject，BioSample，GSA，GWH，GVM，GEN和生物多样性资源...

问题 seqclean出错

... * Using trimming files: /work/12.EVM/00.data/UniVec seqclean running options: seqclean genome.repeat.fa -c 1 -n 10000 -v UniVec  Standard log file: seqcl_genome.repeat.fa.log  Error log file:    err_seqcl_genome.repeat.fa.log  Using 1 CPUs for cleaning -= Rebuilding genome.repeat.fa c...

问题 请问大神们同一“目”（Order，分类学定义）下物种的基因组相似性大不大，想做比较基因组。

...上现存的生物依次分为：界、门、纲、目、科、属、种7个等级。其中，种是生物分类的基本单位。 需求：某一植物物种（感兴趣物种，以下简称物种“A”）未测序，并且该物种所属“科”（石蒜科）中也没有测序的物种，只...

问题 水稻cds序列提取

请问水稻用bed文件钓取cds序列时出错，发现水稻cds文件中不同转录本表示方式不同，有-00、-01、-02等，同时大于号后ID名称小写g改成了t，有些复杂，如何修改perl脚本啊？

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。 3.提取全部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...品种，分别在结种（S1）、种子生长(S2)和早期成熟(S3)三个阶段取样。 2.收集并处理S1时期的种子，使用显微镜观察这个时期两种大豆种子的特征。 3.提取全部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分...

文章 使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图

...族文章，在该篇文章中，作者共鉴定了包括马铃薯在内6个物种(马铃薯、拟南芥、番茄、辣椒、水稻和烟草)的共48个NRAMP 基因家族成员，并通过转录组分析对5种重金属(Pb2+、Cu2+、Cd2+、Zn2+、Ni2+)作用下，马铃薯中NRAMP 基因家族成...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...相关性矩阵可视化的包有很多，小编最喜欢用的还是corrplot 这个包。 corrplot包非常容易使用，并在可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等方面提供了丰富的绘图参数。它还提供了p值和置信区间，以帮助用户确定相关...

问题 用Docker进行单细胞测序数据合并时，执行合并代码时候，报错。

...代码时候，出现这个问题：Error in gzfile(file, "rb") : cannot open the connection Calls: MergeObject -> lapply -> FUN -> readRDS -> gzfile In addition: Warning message: In gzfile(file, "rb") :   cannot open compressed file ' -p', probable reason 'No such file or directory' E...

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

...； 第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容； 第二列 LENGTH : 序列的长度，单位为bp； 第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行； 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， ...