问题 我的hmmsearch结果第一列（target neme）不是geneid 也不是转录本id

...留一个作为基因的代表，此步建议对脚本输出的文件手动筛选，挑选ID： perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt

问题 文件读取：请问我在读取列注释文件时以下警示信息，并且不能读取，我的列注释数据在附件中，麻烦您有空帮我看看，多谢老师。

ORFs_annotation.xlsx      ORFs_annotation2.xlsx

问题 老师，我想问下您知道有什么软件可以把ped格式转换为fasta（为了使用自己的序列数据），再进行后续的建树工作呢？

我用的PGDspider，转换后是这个样子的，如果设置序列放在一行，又会导致相同ID有两条序列的现象，导致比对不成功，您有什么建议吗？

问题 我的转录本数据和gene ID不一致，所以我用的转录本ID来做的circle绘图，但是进行不下去

我用的是转录本ID 不知道这个软件是不是不能用转录本ID ，但是我转换成gene ID 也不行，请老师给建议 难道是由于染色体数量多于拟南芥所以这里也要改吗？ 老师还请您指导

问题 Fam_genelist中基因个数超出了所有的鉴定的数据

您好，当我发现我的PAV文件中不同的fam号对应了同一个基因后，我检查我在32个材料中共鉴定了12359个基因，但生成的Fam_gene.list文件中基因总数为12436 我尝试了重新跑perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel apple.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id...

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据，没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思，按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊，这里的没看懂是什么重复

GSM265218 Wounding_6h_vs_0h_KE1 GSM265219 Wounding_12h_vs_0h_KE1 GSM265220 Wounding_24h_vs_0h_KE1 GSM265221 Wounding_48h_vs_0h_KE1 GSM265222 Wounding_6h_vs_0h_KE2 GSM265223 Wounding_12h_vs_0h_KE2 GSM265224 Wounding_24h_vs_0h_KE2 GSM265225 Wounding_48h_vs_0h_KE2 GSM265226 Wounding_6h_vs_0h_B1...

问题 你好！我在Rstudio中做cox分析时由于数据量巨大，有37万之多，目前代码已经运行了一天还在运算，请问这么长时间正常吗？谢谢了

问题 老师，我想问一下我的无参转录组数据不是全长，它是不是叫cds序列？还有就是找全长序列除了做race还有其他方法吗？

问题 我改正了这些错误，但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上，不知道哪里出错了，基因文件和gff文件没有问题

问题 老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

文章 提取miRNA前后500bp序列

...9703021        29703094        1e-14   83.8 然后对比对结果筛选，尽量选择完全匹配，并且匹配长度最长的。筛选后的blast.out结果如下： bta-miR-34c     Chr20   100.00  113     0       0       1       113     39385825        39385713   ...

文章 cellphoneDB|单细胞分析之细胞间通讯分析

...泛的细胞通讯分析软件，包含配体、受体及其相互作用的数据库，可以对细胞间的通讯分子进行全面、系统的分析，以及研究不同细胞类型之间的相互交流及通讯网络。 数据库链接：https://www.cellphonedb.org/ppi-resources cellphoneDB原...

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师 您好， 我在分析有参RNA-seq数据，hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

我使用的命令是这样：hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index；  对应的变量都已经赋值了，报错如下：