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问题 Fam_genelist中基因个数超出了所有的鉴定的数据

您好,当我发现我的PAV文件中不同的fam号对应了同一个基因后,我检查我在32个材料中共鉴定了12359个基因,但生成的Fam_gene.list文件中基因总数为12436 我尝试了重新跑perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel apple.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id...

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 你好!我在Rstudio中做cox分析时由于数据量巨大,有37万之多,目前代码已经运行了一天还在运算,请问这么长时间正常吗?谢谢了

问题 老师,我想问一下我的无参转录组数据不是全长,它是不是叫cds序列?还有就是找全长序列除了做race还有其他方法吗?

问题 我改正了这些错误,但是还是无法把data里的数据软连接道01 data prepare上,不知道哪里出错了,基因文件和gff文件没有问题

问题 老师,就是我在用misa鉴定ssr的时候,把文件输进去出现下面这个问题怎么解决,用你们提供的数据也是一样的问题,我找不到原因

问题 老师麻烦您看看这是我在GEO数据库里找到的芯片数据,没有看懂样本后缀KE1,KE2,B1,B2代表的是什么意思,按道理来说后缀应该都是rep1,rep2,rep3这样子的重复才对啊,这里的没看懂是什么重复

GSM265218 Wounding_6h_vs_0h_KE1 GSM265219 Wounding_12h_vs_0h_KE1 GSM265220 Wounding_24h_vs_0h_KE1 GSM265221 Wounding_48h_vs_0h_KE1 GSM265222 Wounding_6h_vs_0h_KE2 GSM265223 Wounding_12h_vs_0h_KE2 GSM265224 Wounding_24h_vs_0h_KE2 GSM265225 Wounding_48h_vs_0h_KE2 GSM265226 Wounding_6h_vs_0h_B1...

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得,直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助,非常感谢!

问题 老师 您好, 我在分析有参RNA-seq数据,hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

我使用的命令是这样:hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index;  对应的变量都已经赋值了,报错如下:

文章 cellphoneDB|单细胞分析之细胞间通讯分析

...泛的细胞通讯分析软件,包含配体、受体及其相互作用的数据库,可以对细胞间的通讯分子进行全面、系统的分析,以及研究不同细胞类型之间的相互交流及通讯网络。 数据库链接:https://www.cellphonedb.org/ppi-resources cellphoneDB原...

问题 问下在做基因家族进化树时,建的树bootstrap好多为0,这对发文章数据影响吗?还有要怎么分析解释呢

我还是用的保守结构域进行分析的,这种好多0的情况下会被说是错的吗,,只不过把我的物种跟拟南芥放一块(我的物种跟拟南芥是同一个科的),,这种情况下我要怎么解释这种情况呢?,,图片太大我只截了一部分,,,...

文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

输入数据为一个向量,数值范围为0-100+: 统计不同数值范围的数值分布频率,并绘制柱状图,如下所示,并把大于100的数值统计到一个柱子当中: 具体R语言代码如下: 注意本代码的主题为cowplot主题适合SCI文章发表,并设...

文章 genedoc做蛋白质比对图

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 我的hmmsearch结果第一列(target neme)不是geneid 也不是转录本id

...留一个作为基因的代表,此步建议对脚本输出的文件手动筛选,挑选ID: perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt

问题 双通道平台数据标准化,scan protocol。

在Agilent双通道芯片标准化课程中有如下代码: files = list.files(workdir, pattern = "GSM") files RawData=read.maimages(files=files,source="genepix") show(RawData) 我用的GSE8205的 Scan protocol 为 Axon 4000B scanner. Both the 635nm (red, Cy5) and 532nm (green, Cy3) chan...