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问题 基于Python的mcscan的微共线性分析问题

...来，就是到了arrow和着色就不行了，想问一下，在咱们的docker里面是不是路径有问题，或者python的版本低了呢？请帮忙解答一下，谢谢了。 第一次出现问题：频率最高 第二次出现问题：

问题 新手求助，基因家族分析的第6课时，老师演示在dockerdesktop里面进行复制和解压，求一下在这之前的命令

你好，我想问一下，基因家族分析的第6课时，老师演示在dockerdesktop里面进行复制和解压，在这之前打开powershell，在里面输入的运行docker的命令是什么，

问题 基因家族分析共线性的时候没有大片段复制的基因对 正常吗

老师您好：         我是根据docker课程学习基因家族，做自己的物种，共鉴定到22个HSP70基因，，到MCScanX的时候，使用excel的vlookup函数，找到一对串联重复的基因，但是没有大片段复制的基因，作图时也没有红色的线条，，，...

问题 扩增子分析 ：qiime2分析-多样性分析alpha-beta-差异比较等 课程中的问题

#添加分类信息时报错 这是用qiime2分析完数据后，再利用qiime分析时候报错 #自己用服务器进入的ampliseq-q1:v1.2使用的命令：docker run --rm -v /disk1/liuh/qiime2:/work -it omicsclass/ampliseq-q1:v1.2 请老师帮忙解答一下，谢谢。

问题 hisat2中提示"/work/my_rnaseq/ref/Gmax_508_v4.0.fa" does not exist

查了路径，设置好了，也重新进入docker重设路径了，还是不想，一直提示不存在

问题 Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何解决

Linux服务器上，运行提取结构域的脚本的时候，出现未安装Bio/SeqIO.pm in @INC的错误，请问如何解决，这个问题之前有提过，但是没有人回答，有人只是指出可以安装docker，但是需要root用户安装，没有root权限的用户怎么办

问题 基因组注释 ，seqclean软件报错

...在做基因组注释时，PASA_assembly中，seqclean报错，使用的是docker的镜像，已添加export USER='me'   报错信息如下： /work/zhushi/04.PASA_assembly/UniVec seqclean running options:  seqclean all_transcripts.fasta -c 10 -n 10000 -v ./UniVec  Standard log file: seqcl_...

问题 老师，在使用 perl ../script/get_fa_by_id.pl进行基因家族成员顺势作用原件分析与展示时程序报killed

这里用的是玉米基因组2.1G， 开始搭建镜像时docker run -m 10G --cpus 2 --rm -v C:/gene-family:/work -it omicsclass/gene-family:v1.0.1 给了10G, 然后不管是使用perl ../script/get_promoter.pl ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa mrna_location.txt promoter.fa还是拆...

问题 老师，您好，我按照课程安装doekcr，下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候总是显示错误，请问老师该如何解决呢？

...下载了群体遗传学的镜像，在启动镜像的时候执行指令：docker run --rm -it -m 4G --cpus 1 -v /home/share/pop-evol:work omicsclass/pop-evol-gwas:latest 总是显示Error response from daemon：failed to create task for container: failed to create shim task: OCI runtime create fa...

问题 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT).

尝试安装过docker desktop，导致toolbox无法启动 Windows10无法完全关闭Hyper-V导致VirtualBox 虚拟机无法启动 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT). 返回 代码:E_FAIL (0x80004005)组件:ConsoleWrap界面:IConsole {872da645-4a...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

..._and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13g1.txt、sample.clean.counts_GATC.13g2.txt、sample.clean.counts_GATC.13g3.txt...

问题 重复序列注释问题

老师您好，我在用 omicsclass 的docker 镜像进行基因组重复序列注释时，出现如下错误该如何解决？  W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libcuda.so.1'; dlerror: libcuda.so.1: cannot open shared object file: No ...

问题 Admixture算STRUCTURE，出来的CV erro值随着K增大而递增是怎么回事，算了好几组数据都这样

...果的CV值都随着K增大而递增，用的是群体遗传进化课程中docker的代码，如下： workdir=/work #设置工作路径 refdir=$workdir/ref datadir=$workdir/data scriptdir=$workdir/scripts export PATH=$scriptdir:$PATH GROUP=$datadir/yuan.txt #LD过滤 plink --vcf  $wo...

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...组学大讲堂的云服务器，没有权限，不知道我们所使用的docker镜像和云服务器中的脚本是否是最新的？ 看到也有别的人提了相似的问题，可能在refGene,cytoBand,1000g2014oct_eur,1000g2014oct_afr,exac03,ljb26_all,clinvar_20140929,snp138中找不到的...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

这是我用docker 镜像下载完成后的数据，更换成课程使用的HNSC也无法产生表达的总结数据，更换网络也不能改善 更换网络同样无法改善 代码没做太多修改，是什么参数除了问题吗 表达的原始数据应该成功下载 运行过程： F...