为了检测到更多的环状RNA，采用了BWA进行比对，同时，在环状RNA鉴定时，CIRI需要利用BWA-MEM算法进行序列比对，寻找Junction Reads，然后根据支持剪切位点的GT-AG信号的Junction Reads作为识别circRNA的依据，利用动态规划算法来检测circRNA。

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