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GBLUP模型问题
1: VanRaden是最经典的,但是很多r包比如rrBLUP反而是用的ncol(X)这里的这个逻辑,因为对很多数据集来说计算难度还有数据集完整度也是需要考虑的 使用我们这里的计算方法,数学意义更直观(对角线都是1),生物学意义则是会被削弱 但是不影响育种应用相关的结果(相关系数,排名选择准确性),会影响方差组分的绝对值 2: final...
回答于 1天前
全基因组选择BayesC模型代码部分疑问
1,没有任何影响,因为实际上这个代码里没有用到这个G矩阵,这个是在GBLUP里的,不影响 2,这个是我们的疏忽,感谢提醒,使用这两行代码替换 sets <- as.numeric(cut(1:length(y), breaks = 10, labels = FALSE))sets <- sets[order(runif(nrow(X)))] 3,不绝对,和几个因素有关, 其中最重要的是h2和Ne 要是都是平均的...
回答于 2026-06-05 16:17
进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文...
没有出问题的,minimap相比其他软件已经快了很多了, 如果有需求或者资源充足可以调高线程数 @后面的
回答于 2025-10-15 10:41
16S课程 03.asv_taxonomy
你的数据不是我们的示例数据吗? 我们的计算资源描述是按照我们的示例数据估计的,如果你的不是示例数据,上百个样本的,那占用的资源会多的多,没法估计了 只能再往下调
回答于 2025-08-29 10:00
kneaddata里的trimmomatic的接头文件是通用的吗
一般来说是通用的,命令里带着一个接头的文件,如果你的引物不在里面,就加进去就行 /share/work/biosoft/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39/adapters/my_adapter.fa
回答于 2025-08-14 14:21
prodigal预测基因后会去除partial=00的contigs
对的可以不过滤 本质上就是让预测出来的基因更完整 在contig长度较短然后总数不多的情况下,其实prodigal也可以不过滤的
回答于 2025-08-13 10:34
fastp过滤宏基因组序列
平均质量过滤一般不用,过滤严格, 软件默认用的是质量过滤,就是按低于阈值的碱基比例来过滤,这个合理一点,一般用这个,默认值就可以,-q-u,这两个参数 但是如果你fastqc发现,绝大部分序列前面都很好,最后几个碱基质量很差,这个时候可以做滑动窗口过滤
回答于 2025-08-12 13:28