xun 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

因为组装的时候其实有组装质量的结果,n50那些,这些其实一定程度上可以代表结果质量稀疏曲线一般不用在组装序列里,因为这种情况既和测序有关,又和组装质量有关审稿人一般不太会问这个,如果问到了直接回复基因组覆盖率,或者组装质量什么的跟好一点

回答于 3天前

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eggnog_file_process.r好像就是将同一功能下不同基因直接相加

这个代码就是处理kegg和go的,输入文件不一样,但是整理成类似的就行我之前在qq说统计的方法有说过第一考虑功能在基因的占比,比如有20p的基因有这个功能, 第二是功能整体的占比这个代码里就是第一种,这个没关系的,都可以用的,一般来说还是第一种更多一点,你也可以用已经得到的kegg的结果和文章的看一下,差的大不...

回答于 2025-07-22 14:39

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释...

当然是正常的,数据库层级都是类似的,kegg会出现的问题其他地方也是一样的按理说这个在文献肯定是不罕见的,你可以在看两篇,比如这个cazy 的,他一般是按结构域分的,一个蛋白可能有多个结构域,所以重叠一下是很正常的 lda 的时候没注视到的基因一般是删除,因为没有功能就没有后续,删掉也可以简化解释, 但是如果本来就后...

回答于 2025-07-21 11:46

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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

对的,cds比较长,回比的时候会考虑长度的,做后续分析的时候如果样本量大可以自己手动4舍5入,基本不影响的如果样本量很小,很多cds丰度不到10 的级别,就用tximport处理一下,一般不至于

回答于 2025-07-21 09:45

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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，...

beta多样性分析,常用的距离比如bray不需要抽平,如果要用欧式距离就抽吧alpha多样性要抽平,抽平数据和相对丰度没有本质区别,前者会损失数据,所以要看损失的多少决定用不用功能分析用那个tpm 的,不抽平

回答于 2025-05-27 15:50

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课程里使用bracken对kraken结果进行修饰我发现全部都注释到种水...

bracken原本就是对kraken 的结果的一种修饰,比如一些只分到genus 的级别的片段,他其实应该分到物种,简单来说braken就是按照贝叶斯算法把这些片段的丰度按比例加到种级别类似的,具体的工作原理你可以看一下bracken的那个文章Lu J, Breitwieser FP, Thielen P, Salzberg SL. 2017. Bracken: estimating species abundance in...

回答于 2025-05-27 11:21

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