19 个问题

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• 老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

  2/196

  2025-07-08 03:33
• 老师，我的Fam_gene.list、PAV_draw.list、PAV_gene.list都正常，但是pav图出现了异常，只有两个PHY基因

  2/184

  2025-07-07 15:10
• 老师，我最后做出来的PAV热图没有同源基因，分析了两个原因。

  1/206

  2025-07-06 17:43
• 老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV热图效果是不是不好，这个PHY家族是否合适继续研究，没办法做聚类分析这些了

  2/187

  2025-07-05 15:52
• 老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

  0/170

  2025-07-05 15:04
• 老师我的基因组都是Scaffold，没有染色体级别的基因组，这种适合做泛基因家族鉴定么。我是在BnPIR(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/rape/download_ext)下载的

  1/218

  2025-06-27 01:10
• 老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

  1/207

  2025-06-26 17:29
• 老师，我手动生成了domain_final.bed，但是出现了以下情况，检查了相关文件都能打开，我是做成和share文件里domain_final.bed一样的txt格式，然后在FZ上加后缀bed改为bed格式，请问哪里有问题

  1/195

  2025-06-25 22:04
• 老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

  1/183

  2025-06-23 20:19
• 老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

  1/214

  2025-06-22 18:10