34 个问题

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• 老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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  2025-02-12 17:25
• 老师，我正在执行泛基因及构建的12-30行的指令；视频中data数据中为gff的后缀，我的数据是gff3的，把他后缀改成gff重新上传一遍在执行这条指令吗？ 已解决

  1/296

  2025-02-12 11:50
• hmmsearch --domtblout ./${ind}.WRKY_hmmerOut.txt --cut_tc ./WRKY.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta;;我有两个结构域，需要如何更改呢？

  1/300

  2025-02-11 11:51
• 老师，为什么cds和pep提取不出来？提取出来是0

  1/501

  2025-02-11 10:10
• #提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

  1/403

  2025-02-10 16:44
• 老师，这是某一个最长转录本的保留；；请问#Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉；；这条指令是不是对应下图中要删除掉ID后面的gene mRNA exon CDS等信息呢？

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  2025-02-10 15:18
• 如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致？手动修改吗；以下是两个基因组的gff和fa

  2/414

  2025-02-10 15:04
• 老师，保留最长转录本中，过程文件出现了take into account

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  2025-02-10 14:58
• 老师，保留最长转录本之后，提取cds和pep，过程出现这个界面，请问哪里有问题吗？

  1/297

  2025-02-10 13:15
• 老师，这个done之后不动了，开始运行了吗？如何判断呢？

  1/415

  2025-02-10 13:02