GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题 - 组学大讲堂问答社区

GATK CALL 变异后导入GenomicsDBImport 出现问题

在用GATK CALL 变异后生成的g.vcf.gz文件用GATK的GenomicsDBImport工具导入db的时候出现了问题。我用的命令是：gatk --java-options "-Xmx50g" GenomicsDBImport \

-L intervals.list --tmp-dir $tmpdir -R $REF --batch-size 5 \

--reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \

--genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map。（

intervals.list是12条染色体的列表)。运行的时候报错如下： GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization。尝试了很多次，都不行。

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2 个回答

郭老师 2025-08-04 11:59

出现这个之后就终止了。然后我将线程设为1，重新跑一遍，很快就结果了，只有第一条染色体的，感觉结果也是不完成整的。这是db文件夹中的：

drwx------ 4 root root 4096 Aug 4 11:54 Chr1$1$48169259

-rwx------ 1 root root 0 Aug 4 11:54 __tiledb_workspace.tdb

-rwx------ 1 root root 17409 Aug 4 11:54 vcfheader.vcf

-rwx------ 1 root root 3417 Aug 4 11:54 vidmap.json

Ti Amo 2025-08-04 11:49

直接运行之后就终止了吗？还是出现这个信息之后他还在运行？
GATK作者有关于这个问题的回复：GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. – GATK

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郭老师提出于 2025-08-04 11:23