我现在有600多条序列同时含有3个基因 我想利用这三个基因先聚类 然后建进化树分析 怎么同时进行这三个基因的联合聚类呢 cd-hit应该是用于单独一个基因的聚类把（ps: cd-hit聚类后我们通常是采用代表序列分析把 那3个基因分开聚类后 可能得到的代表序列是不一致的！所以很头疼) 有什么办法能解决这个问题吗？ 能不能先多序列比对 然后连接三个基因序列 把他们修剪成同样的长度再进行cd-hit聚类。。。
建议三个基因先分别多序列比对，然后再拼接起来，再构建进化树；
因为分开比对，顺序打乱，如果想快速拼接建议写程序脚本完成，不然得自行手动完成；
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3基因按照固定的顺序拼接后，用MGEA不行吗？
求大神来解答一下
