Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566.

bcftools mpileup -Ou -f 02428.genome.fa I662_sorted_dedup_reads_realigned.bam.recal.bam| bcftools call -c| vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 100 | gzip > 3dilpoid.fq.gz

做PSMC的准备文件vcfutils.pl vcf2fq总是报错Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566. 

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

bcftools mpileup 少了个参数 -I 吧

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,897 浏览
  • 周国靓 提出于 2022-11-18 16:59