vcf合并

老师您好,我购买了咱们重测序的课程。我在分析的时候遇到了vcf文件合并的困难。我的数据是两部分组成的,一部分是自己测的,现在做到gvcf了,还有一部分是从已发表的文章中的vcf文件里提取出来一部分,参考基因组是相同。我的困难是怎么把这两部分数据做成一个整个的vcf,网上那个是按染色体(chr1、chr2)分的,一个染色体一个vcf,我怎么能把这两块合成一个vcf,或者说我这么做需要注意什么呀。

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

建议下载原始数据重新一起分析;

分开call的SNP的VCF文件再合并的时候会丢失信息;  


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