有参转录组自主分析学习过程中遇见的问题

老师,请教一个问题:转录组自主分析的时候后,分析的是水稻的转录组。

在整个分析的过程中,我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa)和基因组注释文件(Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3),然后利用命令:gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3 -T -o Oryza_sativa.gtf将gff文件生成的gtf。然后按照课程步骤进行分析,按照课程一步一步的操作的,用水稻文件替换了拟南芥所给的文件。

在对基因组构建HISAT index的时候出现了问题,使用的命令是:

hisat2-build -p 8 --ss  /home/manager/RNAi//data/work/refs/splicesites.tsv --exon  /home/manager/RNAi/data/work/refs/exons.tsv  /home/manager/RNAi/data/work/refs/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa /home/manager/RNAi/data/work/refs/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel

结果发现报错:zsh: segmentation fault  hisat2-build -p 8 --ss /home/manager/RNAi//data/work/refs/splicesites.tsv

报错请见图片:attachments-2020-03-OK5pqIcQ5e64740cd1223.png

在这条命令下生成的文件也不全,请见图片:attachments-2020-03-sWuWGMgw5e647414b9a8c.png


请教老师,这是出现了什么问题呢?谢谢!

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

是不是内存不够,这个简历索引耗内存很大

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