老师,我在分析自己的家族搜索结构域时,我的基因组组装的蛋白序列里有“.",导致我运行是总是报错,怎么才能避开这些带“."的序列呢

attachments-2019-12-kR0I4XdI5dfb85ba3a352.pngattachments-2019-12-ItFXtPu35dfb85d0f1f0b.png老师,我在分析自己的家族搜索结构域时,我的基因组组装的蛋白序列里有“.",导致我运行是总是报错,怎么才能避开这些带“."的序列呢

请先 登录 后评论

2 个回答

苦行僧

老师,我查了一下我的蛋白序列,有许多蛋白序列里有“.",因为这个是全基因组测序后公司给反馈的数据,可能是拼接组装导致的,我也不太懂,对于这种情况要怎么分析呢?您上课给的我们的这个命令怎么改才能运行呢?hmmsearch --domtblout WRKY_domain_new_out.txt --cut_tc WRKY_domain_new.hmm Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa     谢谢老师

请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

蛋白序列里面怎么会有点呢? 你核查一下自己的蛋白序列是否有问题

请先 登录 后评论